| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,140,834 | A→T | 6.7% | T147S (ACC→TCC) | rluC → | 23S rRNA pseudouridine(955,2504,2580) synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,140,834 | 0 | A | T | 6.7% | 635.9 / 28.3 | 210 | T147S (ACC→TCC) | rluC | 23S rRNA pseudouridine(955,2504,2580) synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (100/96); new base T (5/9); total (105/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
GAAGATGATCACATCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTGCATGAGCAATTACGTGAAAAAGGGATGCAAAAAGATTACCTGGCGCTGGTGCGCGGTCAGTGGCAGTCGCATGTGAAGAGCGTTCAAGCACCGTTA > CP009273/1140687‑1140980 | gAAGATGATCACATCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGaca < 2:1682042/148‑1 (MQ=255) atgatCACATCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTc < 2:1904387/148‑1 (MQ=255) atgatCACATCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTc < 2:110164/148‑1 (MQ=255) atgatCACATCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACAGCGCGGCAGTGGATAAAGCTTAGGCGGTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTc > 1:3489820/1‑148 (MQ=255) tgatCACATCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTCa > 1:3490839/1‑148 (MQ=255) tgatCACATCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTCa > 2:1367143/1‑148 (MQ=255) atCACATCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAgg < 1:912926/148‑1 (MQ=255) atCACATCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTCAgg < 2:144889/148‑1 (MQ=255) caTCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTCAGGTGtt < 1:2331672/148‑1 (MQ=255) 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aaCCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGaaaaa > 2:1/1‑148 (MQ=255) aaCCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGaaaaa > 2:24/1‑148 (MQ=255) aCCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGaaaaaa < 1:219137/148‑1 (MQ=255) tCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCt < 1:425534/148‑1 (MQ=255) tCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCt > 1:81603/1‑148 (MQ=255) 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tACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTtc < 1:2000497/148‑1 (MQ=255) tACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTtc > 2:2487777/1‑148 (MQ=255) tACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTtc > 2:352345/1‑148 (MQ=255) aCATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTtct < 2:2080165/148‑1 (MQ=255) tGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTg < 2:2273430/148‑1 (MQ=255) tGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAAAGCTCGGCGTTGCGTTCTCTg > 1:675642/1‑148 (MQ=255) gcAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTGCATGa > 1:192252/1‑148 (MQ=255) gTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTGCATGAGCa < 1:1578604/148‑1 (MQ=255) tGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTGCATGAGCaa < 2:1608724/148‑1 (MQ=255) tGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTGCATGAGCaa > 1:851303/1‑148 (MQ=255) 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ttCATCGTCTTGACCGGGACACCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTGCATGAGCAATTACGTGAAAAAGGGATGCAAAAAGATTACCTGGCGCTGGTGCGCGGTCAGTGGCAGTCGCATGTGaa < 2:81603/148‑1 (MQ=255) cATCGTCTTGACCGGGACACCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTGCATGAGCAATTACGTGAAAAAGGGATGCAAAAAGATTACCTGGCGCTGGTGCGCGGTCAGTGGCAGTCGCATGTGAaga < 2:3436567/148‑1 (MQ=255) aTCGTCTTGACCGGGACACCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTGCATGAGCAATTACGTGAAAAAGGGATGCAAAAAGATTACCTGGCGCTGGTGCGCGGTCAGTGGCAGTCGCATGTGAagag > 2:524539/1‑148 (MQ=255) gTCTTGACCGGGACACCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTGCATGAGCAATTACGTGAAAAAGGGATGCAAAAAGATTACCTGGCGCTGGTGCGCGGTCAGTGGCAGTCGCATGTGAAGAGCGt < 1:1690494/148‑1 (MQ=255) cTTGACCGGGACACCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTGCATGAGCAATTACGTGAAAAAGGGATGCAAAAAGATTACCTGGCGCTGGTGCGCGGTCAGTGGCAGTCGCATGTGAAGAGCGTTc > 2:1187659/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |