| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,146,949 | T→A | 48.4% | intergenic (+89/‑122) | fabG → / → acpP | 3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] reductase/acyl carrier protein (ACP) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,146,949 | 0 | T | A | 48.4% | 24.1 / inf | 217 | intergenic (+89/‑122) | fabG/acpP | 3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] reductase/acyl carrier protein (ACP) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (62/50); new base A (63/42); total (125/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
AAGCAGCTTACATCACGGGTGAAACTTTGCATGTGAACGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGTAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGACCTGCCGGGATTTAGTTGCAAATTTTTCAACATTTTATACACTACGAAAACCATCGCGAAAGCGAGTTTTGATAGGAAATTTAAGAGTATGAGCACTATCGAAGAACGCGTTAA > CP009273/1146802‑1147096 | aaGCAGCTTACATCACGGGTGAAACTTTGCATGTGAACGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGt > 2:1745322/1‑148 (MQ=255) cagcTTACATCACGGGTGAAACTTTGCATGTGAACGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGTAAg > 2:354069/1‑148 (MQ=255) gcTTACATCACGGGTGAAACTTTGCATGTGAACGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGTAAGGc < 1:1974568/148‑1 (MQ=255) cTTACATCACGGGTGAAACTTTGCATGTGAACGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGTGGGGAAAGGcc > 1:1751810/1‑148 (MQ=255) ttACATCACGGGTGAAACTTTGCATGTGAACGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGAAAGGCCt < 1:392754/148‑1 (MQ=255) aCATCACGGGTGAAACTTTGCATGTGAACGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGAAAGGCCTCa > 2:1405136/1‑148 (MQ=255) cATCACGGGTGAAACTTTGCATGTGAACGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGAAAGGCCTCaa > 2:2732756/1‑148 (MQ=255) aTCACGGGTGAAACTTTGCATGTGAACGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGAAAGGCCTCaaa < 1:1673680/148‑1 (MQ=255) cACGGGTGAAACTTTGCATGTGAACGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGTAAGGCCTCAAAAt > 2:439913/1‑148 (MQ=255) 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aaaCTTTGCATGTGAACGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGAAAGGCCTCAAAATAACGTaaa > 1:2177505/1‑148 (MQ=255) ttGCATGTGAACGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGTCAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGt > 2:781865/1‑148 (MQ=255) gAACGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGAAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGAc < 1:1256154/148‑1 (MQ=255) gAACGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTAGGAGTAATAAGTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGAAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGAc < 1:3179352/148‑1 (MQ=255) aCGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGAAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGACCt < 2:2176008/148‑1 (MQ=255) aCGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGAAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGACCt > 1:2054519/1‑148 (MQ=255) cggcggGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGTAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGACCTg < 2:1917774/148‑1 (MQ=255) gcggGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGTAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGACCTGcc > 2:1142236/1‑148 (MQ=255) gcggGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGTAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGACCTGcc > 1:1091071/1‑148 (MQ=255) ggATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGAAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGACCTGCCggg > 1:665570/1‑148 (MQ=255) 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tAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGACCTGCCGGGATTTAGTTGCAAATTTTTCAACATTTTATACACTACGAAAACCATCGCGAAAGCGAGTTTTGATAGGAAATTTAAGAGTATGAGCACTATCGAAGAACGCGTTaa < 1:114903/148‑1 (MQ=255) | AAGCAGCTTACATCACGGGTGAAACTTTGCATGTGAACGGCGGGATGTACATGGTCTGACCGCGATTTGCACAAAATGCTCATGTTGCGCGCAGTCTGCGTGGTTATGAGTAATAATTAGTGCAAAATGATTTGCGTTATTGGGGGGTAAGGCCTCAAAATAACGTAAAATCGTGGTAAGACCTGCCGGGATTTAGTTGCAAATTTTTCAACATTTTATACACTACGAAAACCATCGCGAAAGCGAGTTTTGATAGGAAATTTAAGAGTATGAGCACTATCGAAGAACGCGTTAA > CP009273/1146802‑1147096 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |