Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,207,963 | 0 | C | A | 15.7% | 679.0 / 26.1 | 254 | intergenic (‑504/+196) | iraM/ycgX | RpoS stabilzer during Mg starvation, anti‑RssB factor/DUF1398 family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/157); new base A (48/2); total (95/159) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.26e-22 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
AGGTTTCAATTTTTGAGTTATATAGGAATGATTTAACCTGTTCCTGGCTAAAATACATATAACCGGATGATGACTAAACCAAAATACATGTGCGTTAAGTATTGAAACGGACGTGTGGCACGGCCGTTGTTTTTATAAATA‑TGTTAACCGTTATAAAATAACGTATCAAAAGTCAAGTGATCACATTTCAAATATCAAGTTGATAGTATTAGTCTGGTGATTATTTATGGGTGACAATAAAAAGACAGTATTAATCATCCATAGAGATAGTCTCTGCACTTTTATTTCCATTATG > CP009273/1207816‑1208110 | aGGTTTCAATTTTTGAGTTATATAGGAATGATTTAACCTGTTCCTGGCTAAAATACATATAACCGGATGATGACTAAACCAAAATACATGTGCGTTAAGTATTGAAACGGACGTGTGGCACGGCCGTTGTTTTTATAAATA‑TGTTAAc < 2:1899179/148‑1 (MQ=255) ggTTTCAATTTTTGAGTTATATAGGAATGATTTAACCTGTTCCTGGCTAAAATACATATAACCGGATGATGACTAAACCAAAATACATGTGCGTTAAGTATTGAAACGGACGTGTGGCACGGCCGTGGTTTTTATAAAAA‑TGTTAAca > 2:3355221/1‑147 (MQ=255) tttCAATTTTTGAGTTATATAGGAATGATTTAACCTGTTCCTGGCTAAAATACATATAACCGGATGATGACTAAACCAAAATACATGTGCGTTAAGTATTGAAACGGACGTGTGGCACGGCCGTGGTTTTTATAAATATTTTTAACCg > 1:1095555/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |