| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,209,662 | G→T | 39.8% | intergenic (‑147/+58) | bluR ← / ← bluF | repressor of blue light‑responsive genes/anti‑repressor for YcgE, blue light‑responsive; FAD‑binding; has c‑di‑GMP phosphodiesterase‑like EAL domain, but does not degrade c‑di‑GMP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,209,662 | 0 | G | T | 39.8% | 233.2 / 209.8 | 208 | intergenic (‑147/+58) | bluR/bluF | repressor of blue light‑responsive genes/anti‑repressor for YcgE, blue light‑responsive; FAD‑binding; has c‑di‑GMP phosphodiesterase‑like EAL domain, but does not degrade c‑di‑GMP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (71/54); new base T (39/44); total (110/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.27e-01 | |||||||||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
CAATTCCTCCTTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACATCTCAATTCCTGCG > CP009273/1209515‑1209807 | caATTCCTCCTTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAaacg > 2:1640404/1‑148 (MQ=255) ttCCTCCTTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAaacgtaa > 1:2567324/1‑148 (MQ=255) ctcctTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAaacttaacgt > 1:10096/1‑148 (MQ=255) ctcctTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAaacttaacgt > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |