| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,261,810 | G→A | 100% | A87A (GCG→GCA) | prmC → | N5‑glutamine methyltransferase, modifies release factors RF‑1 and RF‑2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,261,810 | 0 | G | A | 95.4% | 524.1 / 11.3 | 177 | A87A (GCG→GCA) | prmC | N5‑glutamine methyltransferase, modifies release factors RF‑1 and RF‑2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/5); new base A (73/92); total (79/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
TTCTCGCCTTTGGTGAAACGCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCGACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTATTCTCGATCTCGGGACGGGTACCGGGGCGATTGCGCTTGCGCTGGCTAGCGAGCGCCCGGACTGCGAA > CP009273/1261665‑1261954 | tctcGCCTTTGGTGAAACGCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAAcc < 1:1846877/148‑1 (MQ=255) gCCTTTGGTGAAACGCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTaa < 2:1732357/148‑1 (MQ=255) ccTTTGGTGAAACGCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAAt > 1:1612956/1‑148 (MQ=255) cTTTGGTGAAACGCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAAtt < 2:3317334/148‑1 (MQ=255) gAAACGCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGcc < 1:1033318/148‑1 (MQ=255) gAAACGCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGcc < 1:2528828/148‑1 (MQ=255) cGCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCTGCGCCCGGa < 2:3099168/148‑1 (MQ=255) cGCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCTGCGCCCGGa < 2:3099169/148‑1 (MQ=255) gCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGAt < 1:1195266/148‑1 (MQ=255) gCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTGGCCGTGTTTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACg > 1:2403077/1‑148 (MQ=255) ctgactgaCGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCGACCTTAATTCCGCGCCCGGATACgg < 1:282584/148‑1 (MQ=255) ctgactgaCGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACgg < 2:683878/148‑1 (MQ=255) ctgactgaCGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACgg > 2:2080962/1‑148 (MQ=255) ctgactgaCGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACgg < 2:2761533/148‑1 (MQ=255) 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aGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCGTGCCGTATTCTCGATCTCGGGACGGGTACCGGGGCGATTGCGCTTGCGCTGGCTAGCGAGCGCCCGGACTGCGaa < 2:3030988/148‑1 (MQ=255) | TTCTCGCCTTTGGTGAAACGCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCGACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTATTCTCGATCTCGGGACGGGTACCGGGGCGATTGCGCTTGCGCTGGCTAGCGAGCGCCCGGACTGCGAA > CP009273/1261665‑1261954 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |