| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,267,816 | T→G | 12.1% | intergenic (+11/‑147) | chaB → / → chaC | cation transport regulator/cation transport regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,267,816 | 0 | T | G | 12.1% | 386.1 / 6.4 | 185 | intergenic (+11/‑147) | chaB/chaC | cation transport regulator/cation transport regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (59/98); new base G (26/2); total (85/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.69e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
CATGGGATCAATATAAAGATAAAGAAGATCGGCGTGATGACGCCAGTCGCGAAGAAACCGCGCATAAAGTGGCCTGGGCTGCTGTGAAGCATGAATATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACA‑CCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGG > CP009273/1267669‑1267963 | aTGGGATCAATATAAAGATAAAGAAGATCGGCGTGATGACGCCAGTCGCGAAGAAACCGCGCATAAAGTGGCCTGGGCTGCTGTGAAGCATGAATATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCtt < 2:2082133/148‑1 (MQ=255) aTGGGATCAATATAAAGATAAAGAAGATCGGCGTGATGACGCCAGTCGCGAAGAAACCGCGCATAAAGTGGCCTGGGCTGCTGTGAAGCATGAATATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCtt < 2:1981689/148‑1 (MQ=255) aTGGGATCAATATAAAGATAAAGAAGATCGGCGTGATGACGCCAGTCGCGAAGAAACCGCGCATAAAGTGGCCTGGGCTGCTGTGAAGCATGAATATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCtt < 1:146054/148‑1 (MQ=255) 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ccGGTCGCTTAGTTAAAGCAATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTTGTCCGTGGATTGAATATTTTCCCCGTAGTGGGTTAAAAATTAGCACTAAAAATTTGCGGAAGAAA‑CCAAAAATTTTTCGCAGGGTAGTATTCAGTGGGGGaa > 2:489920/1‑148 (MQ=255) ttAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACA‑CCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAgg < 2:96294/148‑1 (MQ=255) | CATGGGATCAATATAAAGATAAAGAAGATCGGCGTGATGACGCCAGTCGCGAAGAAACCGCGCATAAAGTGGCCTGGGCTGCTGTGAAGCATGAATATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACA‑CCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGG > CP009273/1267669‑1267963 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |