Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,284,857 | G→T | 32.0% | D53Y (GAT→TAT) | rssA → | putative patatin‑like family phospholipase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,284,857 | 0 | G | T | 32.0% | 332.7 / 136.4 | 183 | D53Y (GAT→TAT) | rssA | putative patatin‑like family phospholipase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (55/69); new base T (25/34); total (80/103) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.74e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
TAAAAATAGGGCTGGCGCTGGGATCTGGCGCGGCGAGAGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCGATCGATTATCTGCGCTGGAAGATTGGGTGACCTCTTTCAGTTATTGGGATGTTTTACGCCTGATGGATCTCTCCTGGCAGCGCGGTGGGTTACTGCGCGGCGAGCGTGTCTTCAATCAATACCGCGAAATAATGCCGGAAACAGAGA > CP009273/1284711‑1285004 | tAAAAATAGGGCTGGCGCTGGGATCTGGCGCGGCGAGAGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAACTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGcga < 1:773554/148‑1 (MQ=255) aaaaTAGGGCTGGCGCTGGGATCTGGCGCGGCGAGAGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGctatc < 2:331150/148‑1 (MQ=255) aaTAGGGCTGGCGCTGGGATCTGGCGCGGCGAGAGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGcgatcga > 2:2925678/1‑148 (MQ=255) aaTAGGGCTGGCGCTGGGATCTGGCGCGGCGAGAGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGcgatcga > 1:2702418/1‑148 (MQ=255) gggCTGGCGCTGGGATCTGGCGCGGCGAGAGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTTATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCGATCGATTAt > 1:62048/1‑148 (MQ=255) gggCTGGCGCTGGGATCTGGCGCGGCGAGAGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCTATCGATTAt > 2:660117/1‑148 (MQ=255) ggCTGGCGCTGGGATCTGGCGCGGCGAGAGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCGATCGATTATc < 2:363372/148‑1 (MQ=255) gCTGGCGCTGGGATCTGGCGCGGCGAGAGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCTATCGATTATCt > 1:2777122/1‑148 (MQ=255) cTGGCGCTGGGATCTGGCGCGGCGAGAGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCTATCGATTATCTg < 2:504563/148‑1 (MQ=255) ggCGCTGGGATCTGGCGCGGCGAGAGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCGATCGATTATCTgcg < 1:2805401/148‑1 (MQ=255) gcgcTGGGATCTGGCGCGGCGAGAGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCTATCGATTATCTgcgc < 1:1816253/148‑1 (MQ=255) gcgcTGGGATCTGGCGCGGCGAGAGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCGATCGATTATCTgcgc < 1:601610/148‑1 (MQ=255) tGGGATCTGGCGCGGCGAGAGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCTATCGATTATCTGCGCTGGa < 2:1630312/148‑1 (MQ=255) ggATCTGGCGCGGCGAGAGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCTATCGATTATCTGCGCTGGAAg > 1:738648/1‑148 (MQ=255) ggATCTGGCGCGGCGAGAGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCTATCGATTATCTGCGCTGGAAg > 1:2322331/1‑148 (MQ=255) ggATCTGGCGCGGCGAGAGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCGATCGATTATCTGCGCTGGAAg > 1:1043553/1‑148 (MQ=255) ggATCTGGCGCGGCGAGAGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCGATCGATTATCTGCGCTGGAAg < 1:247173/148‑1 (MQ=255) aTCTGGCGCGGCGAGAGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCGATCGATTATCTGCGCTGGAAGAt > 2:18134/1‑148 (MQ=255) aTCTGGCGCGGCGAGAGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCGATCGATTATCTGCGCTGGAAGAt > 2:764135/1‑148 (MQ=255) 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gagaGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCGATCGATTATCTGCGCTGGAAGATTGGGTGACctct < 1:2236439/148‑1 (MQ=255) gagaGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCGATCGATTATCTGCGCTGGAAGATTGGGTGACctct < 2:1439995/148‑1 (MQ=255) agagGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCGATCGATTATCTGCGCTGGAAGATTGGGTGACCTCtt < 1:1585351/148‑1 (MQ=255) gagGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCGATCGATTATCTGCGCTGGAAGATTGGGTGACCTCttt < 2:2832031/148‑1 (MQ=255) agGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCGATCGATTATCTGCGCTGGAAGATTGGGTGACCTCTTTc < 1:579973/148‑1 (MQ=255) 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cGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCGATCGATTATCTGCGCTGGAAGATTGGGTGACCTCTTTCAGTTATTGGGATGTTTTa < 2:3093642/148‑1 (MQ=255) attaATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGACAGTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGGTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCTATCGATTATCTGCGCTGGAAGATTGGGTGACCTCTTTCAGTTATTGGGATGTTTTACGcc < 1:2116360/148‑1 (MQ=255) taATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCGATCGATTATCTGCGCTGGAAGATTGGGTGACCTCTTTCAGTTATTGGGATGTTTTACGCCTg > 2:3488138/1‑148 (MQ=255) aaTGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCGATCGATTATCTGCGCTGGAAGATTGGGTGACCTCTTTCAGTTATTGGGATGTTTTACGCCTGa > 2:3065898/1‑148 (MQ=255) cgcTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCTATCGATTATCTGCGCTGGAAGATTGGGTGACCTCTTTCAGTTATTGGGATGTTTTACGCCTGATGGa < 2:526140/148‑1 (MQ=255) cgcTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCGATCGATTATCTGCGCTGGAAGATTGGGTGACCTCTTTCAGTTATTGGGATGTTTTACGCCTGATGGa < 2:1778609/148‑1 (MQ=255) cgcTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCGATCGATTATCTGCGCTGGAAGATTGGGTGACCTCTTTCAGTTATTGGGATGTTTTACGCCTGATGGa < 2:3177260/148‑1 (MQ=255) cgcTAAAAAAAGTGGGTAGTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCTATCGATTATCTGCGCTGGAAGATTGGGTGACCTCTTTCAGTTATTGGGATGTTTTACGCCTGATGGa < 2:3321834/148‑1 (MQ=255) tAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCGATCGATTATCTGCGCTGGAAGATTGGGTGACCTCTTTCAGTTATTGGGATGTTTTACGCCTGATGGAtct < 2:420325/148‑1 (MQ=255) aaaaaaaGTGGTTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCGATCGATTATCAGCGCTGGAAGATTGGGTGACCACTATCAGTTATTTGGATGTTTTACGCCTGATGGAtctc > 1:1057808/1‑148 (MQ=255) 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ttCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCGATCGATTATCTGCGCTGGAAGATTGGGTGACCTCTTTCAGTTATTGGGATGTTTTACGCCTGATGGATCTCTCCTGGCAGCGCGGTGGGTTACTGCGCGGCGAGCGTGTCTtcaatcaa > 1:437793/1‑148 (MQ=255) tCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCTATCGATTATCTGCGCTGGAAGATTGGGTGACCTCTTTCAGTTATTGGGATGTTTTACGCCTGATGGATCTCTCCTGGCAGCGCGGTGGGTTACTGCGCGGCGAGCGTGTCTTcaatcaat < 2:3230168/148‑1 (MQ=255) cGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCTATCGATTATCTGCGCTGGAAGATTGGGTGACCTCTTTCAGTTATTGGGATGTTTTACGCCTGATGGATCTCTCCTGGCAGCGCGGTGGGTTACTGCGCGGCGAGCGTGTCTTCAATCAATa < 2:2500806/148‑1 (MQ=255) cGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCTATCGATTATCTGCGCTGGAAGATTGGGTGACCTCTTTCAGTTATTGGGATGTTTTACGCCTGATGGATCTCTCCTGGCAGCGCGGTGGGTTACTGCGCGGCGAGCGTGTCTTCAATCAATa > 2:3157270/1‑148 (MQ=255) cGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCTATCGATTATCTGCGCTGGAAGATTGGGTGACCTCTTTCAGTTATTGGGATGTTTTACGCCTGATGGATCTCTCCTGGCAGCGCGGTGGGTTACTGCGCGGCGAGCGTGTCTTCAATCAATa > 2:3404774/1‑148 (MQ=255) 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gatcgatTATCTGCGCTGGAAGATTGGGTGACCTCTTTCAGTTATTGGGATGTTTTACGCCTGATGGATCTCTCCTGGCAGCGCGGTGGGTTACTGCGCGGCGAGCGTGTCTTCAATCAATACCGCGAAATAATGCCGGAAACAgaga < 1:2942375/148‑1 (MQ=255) | TAAAAATAGGGCTGGCGCTGGGATCTGGCGCGGCGAGAGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCGATCGATTATCTGCGCTGGAAGATTGGGTGACCTCTTTCAGTTATTGGGATGTTTTACGCCTGATGGATCTCTCCTGGCAGCGCGGTGGGTTACTGCGCGGCGAGCGTGTCTTCAATCAATACCGCGAAATAATGCCGGAAACAGAGA > CP009273/1284711‑1285004 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |