| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,290,033 | G→T | 100% | pseudogene (416/567 nt) | insZ ← | pseudogene, transposase homolog |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,290,033 | 0 | G | T | 95.1% | 675.9 / 23.8 | 226 | pseudogene (416/567 nt) | insZ | pseudogene, transposase homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/9); new base T (98/117); total (100/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
AGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAGTTAT > CP009273/1289889‑1290177 | agagGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACg < 1:1601109/148‑1 (MQ=255) gaggagCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGc > 2:2340055/1‑148 (MQ=255) aggagCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGcc > 2:3294362/1‑148 (MQ=255) aggagCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGGTACGcc > 2:3229845/1‑148 (MQ=255) gagCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCgt < 2:2999315/148‑1 (MQ=255) gCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCgtgt < 1:3507198/148‑1 (MQ=255) gCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTc < 1:3190160/148‑1 (MQ=255) cACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTAGGGGTTGTCCCAGGTTAAGCCGTGtttac > 1:2209348/1‑146 (MQ=255) tATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAg < 1:1261332/148‑1 (MQ=255) gTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGctc < 1:3413818/148‑1 (MQ=255) gTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTAGGGCTTGTCCCAGGTTAAGCCGTGTTTACCAGctc > 1:2636567/1‑148 (MQ=255) tCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCGCCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTAt < 2:1981240/148‑1 (MQ=255) tCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTAt > 2:1745759/1‑148 (MQ=255) cacaGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATc > 2:2905178/1‑148 (MQ=255) caGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCAt > 2:3513952/1‑148 (MQ=255) aGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCAtt < 2:1304655/148‑1 (MQ=255) ggATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCAttt < 1:2750138/148‑1 (MQ=255) cGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTGTCGGGCTGGTCCCAGGTTACGCCGGGTTTGCCAGCGCGATCAtttattttt > 1:2541935/1‑142 (MQ=255) gggTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGc < 2:3084744/148‑1 (MQ=255) ggTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCg > 2:1375573/1‑148 (MQ=255) ggTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCg < 1:1329503/148‑1 (MQ=255) gTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGa < 1:2723540/148‑1 (MQ=255) ttGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATAtt < 1:3334033/148‑1 (MQ=255) tGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATAttc < 1:670969/148‑1 (MQ=255) tGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATAttc < 1:1095228/148‑1 (MQ=255) tatCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGAGGGTCCCTGGTTACGCCGGGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATAttcttc > 2:2370179/1‑148 (MQ=255) atCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTGGGGATGGTGCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTATGATGCGATattattgc > 2:632436/1‑146 (MQ=255) atCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTcc < 1:3070768/148‑1 (MQ=255) atCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCGCTATCATTTCTGTTGCGCTATTCTTcc > 2:1321127/1‑148 (MQ=255) atCGTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCTTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTcc < 2:3150404/148‑1 (MQ=255) cTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCAATTCTGATGCGATATTCTTCCAc > 2:943293/1‑148 (MQ=255) tAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACgc < 2:2573456/148‑1 (MQ=255) tAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACgc < 2:1300354/148‑1 (MQ=255) ccGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGGTGGTCCCAGGTTACGCCGGGTTTCCCACCTCTAACATTTCTGATGCGATAATCTTCCACccagg > 1:1144834/1‑148 (MQ=255) aCCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTACACgcaggcag > 2:856611/1‑148 (MQ=255) ccTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGt < 2:2851271/148‑1 (MQ=255) tCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAg > 1:2382046/1‑148 (MQ=255) tCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTACATTCGTTTCGGGAATGTCCCTGGTTAAGCCGTGTTAACCAACACTATAAATTCAGATGAGATATTATTACACACAGTCAGTAg > 1:294891/1‑148 (MQ=255) cGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGc > 2:2943079/1‑148 (MQ=255) cGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGc > 2:593582/1‑148 (MQ=255) ggCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGcc < 1:3185735/148‑1 (MQ=255) ggCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGcc > 2:3408332/1‑148 (MQ=255) ggCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTACCAGCTCTATAATTTATGATGCGATATTCTTCCACCCAGGCAGTAGcc > 2:1648630/1‑148 (MQ=255) gCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCa < 1:1141503/148‑1 (MQ=255) gCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCAATTATGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCa > 2:1692454/1‑148 (MQ=255) gCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTAGGGATGGTCCCAGGTTACGCCGTGTTTACCAGCTCTATAAATTATGATTCGATATTATTACAACCAAGCAGTATCCa > 1:1998398/1‑148 (MQ=255) gTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGtt < 2:751871/148‑1 (MQ=255) gTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGtt < 2:2531167/148‑1 (MQ=255) gCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCCGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAAccc > 1:3233825/1‑148 (MQ=255) tttGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGAGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCt > 2:2731054/1‑148 (MQ=255) tGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTGTGATGGGATATTATTCCACGCACGCAGTAGCCAGTGGCGGTTTCAAACCTGCTgg > 1:1706454/1‑148 (MQ=255) gTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGt < 1:2345150/148‑1 (MQ=255) gTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGt < 2:1596018/148‑1 (MQ=255) tATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGGGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTc > 1:2921704/1‑148 (MQ=255) tGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAg < 1:2119283/148‑1 (MQ=255) caccacTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTACCAGCTCTATCATTTATGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTc > 1:1839872/1‑148 (MQ=255) ccacTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCTTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTcag < 2:2976708/148‑1 (MQ=255) ccacTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTcag > 2:722362/1‑148 (MQ=255) agagCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGt > 2:1133110/1‑148 (MQ=255) agagCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGt > 2:1133152/1‑148 (MQ=255) gagCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTc < 2:772487/148‑1 (MQ=255) gagCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTACCTGGTTACGCCGTGTTTACCAGCTCTATCATTTGTGATGCGATATTCTTACACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAAACCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTc > 1:1312904/1‑148 (MQ=255) agCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCt < 1:328853/148‑1 (MQ=255) aCCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCg < 1:3479135/148‑1 (MQ=255) 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tttCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAaac < 2:1155493/148‑1 (MQ=255) ttCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAaaca > 1:246839/1‑148 (MQ=255) gggATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACg < 1:617276/148‑1 (MQ=255) gATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTa > 2:929609/1‑148 (MQ=255) gATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTa > 2:1520491/1‑148 (MQ=255) aTGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCACAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTaa < 1:3514499/148‑1 (MQ=255) tGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAAt < 2:304197/148‑1 (MQ=255) ggTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATa < 2:2637233/148‑1 (MQ=255) gTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCaaa < 1:1072021/137‑1 (MQ=255) gTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATag > 2:1211868/1‑148 (MQ=255) gTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATag < 1:876031/148‑1 (MQ=255) gTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATag < 1:74297/148‑1 (MQ=255) gTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATag < 1:2654000/148‑1 (MQ=255) gTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATag > 2:1445710/1‑148 (MQ=255) gTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATag < 1:3087424/148‑1 (MQ=255) cccTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATagag > 1:925060/1‑148 (MQ=255) cccTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATagag > 2:498663/1‑148 (MQ=255) cccTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATagag > 2:218512/1‑148 (MQ=255) cTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAGtt > 2:2081261/1‑148 (MQ=255) tGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAGTTa < 1:3028900/148‑1 (MQ=255) ggTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAGTTAt > 1:449534/1‑148 (MQ=255) | AGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAGTTAT > CP009273/1289889‑1290177 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |