| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,314,219 | A→T | 5.2% | L475M (TTG→ATG) | trpD ← | fused glutamine amidotransferase (component II) of anthranilate synthase/anthranilate phosphoribosyl transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,314,219 | 0 | A | T | 5.2% | 521.4 / 15.2 | 173 | L475M (TTG→ATG) | trpD | fused glutamine amidotransferase (component II) of anthranilate synthase/anthranilate phosphoribosyl transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (64/100); new base T (4/5); total (68/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 | |||||||||||
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
CTCTGTCGTAAGCGGAACCACTGCGCAGTACCTCAAGAACGGTTTGCGCATTGGCTTGCAGATCTTCATGGCCATGCAGGCGCATTAACATGGCGACGTTCGCAGCGACGGCTGCTTCATGGGCGGCGTCGCCTTTACCTTGTAACAAACGTGTTAAAATGTCACGGTTTTCTTCCGGTGTTCCGCCTGCCAGTTGCTCCTGGTGGTAGGGTGTCAGGCCAAAGTCTTCTGCGGTGAGCTGATAGCTTTTAATTTCGCCGTCATGCAGTTCGGCAACGATTGTCGGCGCGTGTAA > CP009273/1314072‑1314366 | tctGTCGTAAGCGGAACCACTGCGCAGTACCTCAAGAACGGTTTGCGCATTGGCTTGCAGATCTTCATGGCCATGCAGGCGCATTAACATGGCGACGTTCGCAGCGACGGCTGCTTCATGGGCGGCGTCGCCTTTACCTTGTAACaaa < 1:382957/148‑1 (MQ=255) gTCGTAAGCGGAACCACTGCGCAGTACCTCAAGAACGGTTTGCGCATTGGCTTGCAGATCTTCATGGCCATGCAGGCGCATTAACATGGCGACGTTCGCAGCGACGGCTGCTTCATGGGCGGCGTCGCCTTTACCTTGTAACAAACgt > 2:362366/1‑148 (MQ=255) gTCGTAAGCGGAACCACTGCGCAGTACCTCAAGAACGGTTTGCGCATTGGCTTGCAGATCTTCATGGCCATGCAGGCGCATTAACATGGCGACGTTCGCAGCGACGGCTGCTTCATGGGCGGCGTCGCCTTTACCTTGTAACAAACgt > 2:363942/1‑148 (MQ=255) tCGTAAGCGGAACCACTGCGCAGTACCTCAAGAACGGTTTGCGCATTGGCTTGCAGATCTTCATGGCCATGCAGGCGCATTAACATGGCGACGTTCGCAGCGACGGCTGCTTCATGGGCGGCGTCGCCTTTACCTTGTAACAAACgtg < 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aaCCACTGCGCAGTACCTCAAGAACGGTTTGCGCATTGGCTTGCAGATCTTCATGGCCATGCAGGCGCATTAACATGGCGACGTTCGCAGCGACGGCTGCTTCATGGGCGGCGTCGCCTTTACCTTGTAACAAACGTGTTAAAATGTc > 2:3456514/1‑148 (MQ=255) aacaatGCGAAGTACATAAAGAACGCTTTGCGCATTGGCATGCAGATCATCATGGCCATGAAGGCGAATTAACATGGCGACGATCGCAGCGACGGCTGCTTAATGGGCGGCGTCGCCTTTACCTTGTAAAAAACGTGTTAAAATGtaa > 2:238149/6‑146 (MQ=255) cACTGCGCAGTACCTCAAGAACGGTTTGCGCATTGGCTTGCAGATCTTCATGGCCATGCAGGCGCATTAACATGGCGACGTTCGCAGCGACGGCTGCTTCATGGGCGGCGTCGCCTTTACCTTGTAACATACGTGTTAAAATGTCACg > 2:57015/1‑148 (MQ=255) cACTGCGCAGTACCTCAAGAACGGTTTGCGCATTGGCTTGCAGATCTTCATGGCCATGCAGGCGCATTAACATGGCGACGTTCGCAGCGACGGCTGCTTCATGGGCGGCGTCGCCTTTACCTTGTAACATACGTGTTAAAATGTCACg > 2:3142292/1‑148 (MQ=255) gcgcAGTACCTCAAGAACGGTTTGCGCATTGGCTTGCAGATCTTCATGGCCATGCAGGCGCATTAACATGGCGACGTTCGCAGCGACGGCTGCTTCATGGGCGGCGTCGCCTTTACCTTGTAACAAACGTGTTAAAATGTCACGGttt > 2:1779067/1‑148 (MQ=255) 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tttACCTTGTAACAAACGTGTTAAAATGTCACGGTTTTCTTCCGGTGTTCCGCCTGCCAGTTGCTCCTGGTGGTAGGGTGTCAGGCCAAAGTCTTCTGCGGTGAGCTGATAGCTTTTAATTTCGCCGTCATGCAGTTCGGCAACGAtt < 2:2610399/148‑1 (MQ=255) aCCTTGTAACAAACGTGTTAAAATGTCACGGTTTTCTTCCGGTGTTCCGCCTGCCAGTTGCTCCTGGTGGTAGGGTGTCAGGCCAAAGTCTTCTGCGGTGAGCTGATAGCTTTTAATTTCGCCGTCATGCAGTTCGGCAACGATTGTc > 1:547754/1‑148 (MQ=255) aCCTTGTAACAAACGTGTTAAAATGTCACGGTTTTCTTCCGGTGTTCCGCCTGCCAGTTGCTCCTGGTGGTAGGGTGTCAGGCCAAAGTCTTCTGCGGTGAGCTGATAGCTTTTAATTTCGCCGTCATGCAGTTCGGCAACGATTGTc > 1:547741/1‑148 (MQ=255) aCAAACGTGTTAAAATGTCACGGTTTTCTTCCGGTGTTCCGCCTGCCAGTTGCTCCTGGTGGTAGGGTGTCAGGCCAAAGTCTTCTGCGGTGAGCTGATAGCTTTTAATTTCGCCGTCATGCAGTTCGGCAACGATTGTCGGCGCgtg < 1:936316/148‑1 (MQ=255) aaaCGTGTTAAAATGTCACGGTTTTCTTCCGGTGTTCCGCCTGCCAGTTGCTCCTGGTGGTAGGGTGTCAGGCCAAAGTCTTCTGCGGTGAGCTGATAGCTTTTAATTTCGCCGTCATGCAGTTCGTCAACGATTGTCGGCGCGTGTa > 2:1034560/1‑148 (MQ=255) aaCGTGTTAAAATGTCACGGTTTTCTTCCGGTGTTCCGCCTGCCAGTTGCTCCTGGTGGTAGGGTGTCAGGCCAAAGTCTTCTGCGGTGAGCTGATAGCTTTTAATTTCGCCGTCATGCAGTTCGGCAACGATTGTCGGCGCGTGTaa > 2:1309483/1‑148 (MQ=255) | CTCTGTCGTAAGCGGAACCACTGCGCAGTACCTCAAGAACGGTTTGCGCATTGGCTTGCAGATCTTCATGGCCATGCAGGCGCATTAACATGGCGACGTTCGCAGCGACGGCTGCTTCATGGGCGGCGTCGCCTTTACCTTGTAACAAACGTGTTAAAATGTCACGGTTTTCTTCCGGTGTTCCGCCTGCCAGTTGCTCCTGGTGGTAGGGTGTCAGGCCAAAGTCTTCTGCGGTGAGCTGATAGCTTTTAATTTCGCCGTCATGCAGTTCGGCAACGATTGTCGGCGCGTGTAA > CP009273/1314072‑1314366 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |