| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,430,446 | A→T | 6.2% | G235G (GGT→GGA) | ompN ← | outer membrane pore protein N, non‑specific |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,430,446 | 0 | A | T | 6.2% | 555.1 / 21.1 | 176 | G235G (GGT→GGA) | ompN | outer membrane pore protein N, non‑specific |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (88/77); new base T (4/7); total (92/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
AGTGACTTCAAAATTCTGGGTTTTGTTTGCCACAGCATAATCGCTGTCGCCAAACGGGGTCATATTACGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTG > CP009273/1430299‑1430593 | tGACTTCAAAATTCTGGGTTTAGATTGCCACAGCATAATCGCTGTCGCCAAACGTGCTCATATTACGCGTTTATGAATAAATGTTTGACAGGAAAATATTGATAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTATATctcc > 2:2281973/1‑148 (MQ=255) aCTTCAAAATTCTGGGTTTTGTTTGCCACAGCATAATCGCTGTCGCCAAACGGGGTCATATTACGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATcaccac > 1:2018858/1‑148 (MQ=255) cAAAATTCTGGGTTTTGTTTGCCACAGCATAATCGCTGTCGCCAAACGGGGTCATATTACGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACccgc > 2:2221218/1‑148 (MQ=255) 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aaCGGGGTCATATTACGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCGGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGgtgt < 2:2514752/148‑1 (MQ=255) aCGGGGTCATATTACGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTa < 2:206444/148‑1 (MQ=255) cATATTACGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCa < 1:444082/148‑1 (MQ=255) tatTACGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCAcc > 2:2057623/1‑148 (MQ=255) atTACGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCa > 2:2475937/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |