Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,454,724 | G→T | 100% | G472C (GGT→TGT) | paaH → | 3‑hydroxyadipyl‑CoA dehydrogenase, NAD+‑dependent |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,454,724 | 0 | G | T | 100.0% | 762.1 / ‑6.7 | 240 | G472C (GGT→TGT) | paaH | 3‑hydroxyadipyl‑CoA dehydrogenase, NAD+‑dependent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base T (115/123); total (116/124) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
GAATTATCCATATGGCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCGGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTCACTGCACAAATGCTTAACGGTCAT > CP009273/1454579‑1454871 | gAATTATCCATATGGCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGt > 1:1579655/1‑148 (MQ=255) aTTATCCATATGGCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTa < 2:685095/148‑1 (MQ=255) tATCCATATGGCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATg > 1:2422884/1‑148 (MQ=255) tATCCATATGGCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATg > 2:2249902/1‑148 (MQ=255) tCCATATGGCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAg > 1:2596552/1‑148 (MQ=255) cATATGGCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTc < 2:1165442/148‑1 (MQ=255) atatGGCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCa > 2:1075318/1‑148 (MQ=255) atatGGCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCa > 2:2850957/1‑148 (MQ=255) tatGGCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCAt < 1:1380828/148‑1 (MQ=255) tatGGCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCAt < 1:3483753/148‑1 (MQ=255) atGGCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATa < 1:78816/148‑1 (MQ=255) gCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAgg > 2:2923841/1‑148 (MQ=255) cccACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACTGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGc < 2:1006101/148‑1 (MQ=255) cACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCt < 1:742268/148‑1 (MQ=255) ttGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGc > 2:3240933/1‑148 (MQ=255) tGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCa > 1:1651670/1‑148 (MQ=255) tGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAAt < 2:3013306/148‑1 (MQ=255) tGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAAt > 2:2045197/1‑148 (MQ=255) ggAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGATTCATAAGGCCTGGCAAAATGcc > 1:1947416/1‑148 (MQ=255) ggAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGcc < 2:348753/148‑1 (MQ=255) gAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGccc < 1:3240364/148‑1 (MQ=255) gAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGccc > 1:428887/1‑148 (MQ=255) gAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCATGGCAAAATGccc > 1:2219663/1‑148 (MQ=255) aGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCa < 2:2261230/148‑1 (MQ=255) cAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCa < 2:1517054/148‑1 (MQ=255) cAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCa < 1:2020259/148‑1 (MQ=255) cgtggctggcAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATg < 2:1928206/146‑1 (MQ=255) ttGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGt < 2:228833/148‑1 (MQ=255) tggctggcAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTa < 2:1332704/148‑1 (MQ=255) tggctggcAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTAATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTa < 1:2760819/148‑1 (MQ=255) ggctggcAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTAt > 1:2671060/1‑148 (MQ=255) ggcAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACCGCATCACTATGGCGAAGAACGCGATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATgaga < 2:2347620/148‑1 (MQ=255) ggcAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATgaga < 2:1508115/148‑1 (MQ=255) ggcAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATgaga < 2:713327/148‑1 (MQ=255) ggcAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATgaga < 2:2493814/148‑1 (MQ=255) aGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACg < 2:1579655/148‑1 (MQ=255) gCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGa > 1:1671393/1‑148 (MQ=255) gCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGa > 1:1605701/1‑148 (MQ=255) cGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGAt < 2:1211386/148‑1 (MQ=255) tatTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCt > 2:1672650/1‑148 (MQ=255) tAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTgcg > 2:1074381/1‑148 (MQ=255) aaGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTgcgc > 1:2544197/1‑148 (MQ=255) ggCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCa > 2:1288492/1‑148 (MQ=255) gCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCaa > 2:2319919/1‑148 (MQ=255) cTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCaaa < 2:1715251/148‑1 (MQ=255) cTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCaaa < 2:1810649/148‑1 (MQ=255) ttGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAgcgc < 2:2680831/148‑1 (MQ=255) ttGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAgcgc < 1:1437387/148‑1 (MQ=255) tGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCt < 1:717902/148‑1 (MQ=255) tGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCt < 1:3131078/148‑1 (MQ=255) aaaTCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTgg > 1:1152776/1‑148 (MQ=255) aTCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCa > 1:2585910/1‑148 (MQ=255) aTCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCa > 2:1439624/1‑148 (MQ=255) aTCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCa > 2:1439424/1‑148 (MQ=255) aCAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGa > 1:3242451/1‑148 (MQ=255) cAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCCACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGAc < 1:135802/148‑1 (MQ=255) cAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGAc < 2:750714/148‑1 (MQ=255) aTCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTa < 2:3070710/148‑1 (MQ=255) cACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTAtc > 2:2933471/1‑148 (MQ=255) cACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTAtc > 1:99761/1‑148 (MQ=255) cACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTAtc > 1:321900/1‑148 (MQ=255) cTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAACGCGCGTGGCATCGACATTAtctc > 1:968671/1‑148 (MQ=255) cTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTAtctc > 1:549086/1‑148 (MQ=255) aTGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCaa < 1:3039734/148‑1 (MQ=255) tGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAAt < 2:2596803/148‑1 (MQ=255) tGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAAt > 1:3406327/1‑148 (MQ=255) gCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGAGGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATgg < 1:614811/148‑1 (MQ=255) gCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACCATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATgg > 1:2763326/1‑148 (MQ=255) aagaaCGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGGTg > 1:1013697/1‑148 (MQ=255) aagaaCGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATg > 1:3135830/1‑148 (MQ=255) agaaCGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGa < 1:2564444/148‑1 (MQ=255) aCGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAgg < 1:2282147/148‑1 (MQ=255) cTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCtt < 2:416523/148‑1 (MQ=255) tCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGc < 2:110463/148‑1 (MQ=255) tCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGc < 2:314166/148‑1 (MQ=255) cGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCt > 2:2697801/1‑148 (MQ=255) taccATGTTCATTGCTGCGACAACGGTCGCTTATGGAGAGCTGTTATTATTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGTCTTTGCTg < 2:1604120/146‑1 (MQ=255) ccATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTa < 1:1710036/148‑1 (MQ=255) cATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCCAAGCGCGTGGCATCGACATTATATCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAg > 1:1050774/1‑148 (MQ=255) gTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCCAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGa > 1:2831351/1‑148 (MQ=255) tCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGAcc > 2:2447821/1‑148 (MQ=255) tCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGAcc < 2:3335182/148‑1 (MQ=255) aTTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCAt < 1:2376137/148‑1 (MQ=255) ttGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATg < 2:902688/148‑1 (MQ=255) tgctgcGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGAGGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGa < 1:834086/148‑1 (MQ=255) cgcCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTc < 2:492133/148‑1 (MQ=255) gcCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTCa < 2:2356518/148‑1 (MQ=255) gcCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTCa < 2:842493/148‑1 (MQ=255) gcCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTCa < 1:378937/148‑1 (MQ=255) gcCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTCa < 2:569882/148‑1 (MQ=255) cGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTCACTGca > 2:1651866/1‑148 (MQ=255) cGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTCACTGca < 1:3375281/148‑1 (MQ=255) ggCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTCACTGcaca > 1:3080031/1‑148 (MQ=255) tGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTCACTGCACAAATGCTTa < 2:2124583/148‑1 (MQ=255) ggAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTCACTGCACAAATGCTTaa < 1:2410073/148‑1 (MQ=255) gagaGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTCACTGCACAAATGCTTAAc < 2:1218189/148‑1 (MQ=255) agagCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTCACTGCACAAATGCTTAACg > 1:1319411/1‑148 (MQ=255) gagCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTCACTGCACAAATGCTTAACgg < 1:1288492/148‑1 (MQ=255) agCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTCACTGCACAAATGCTTAACGGt > 2:255948/1‑148 (MQ=255) ggTTATGAGTCAAAAGGCCGGGCAAAATGCCCATGCACTGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTAGCTGTAGTGACCATGACCGTCACTGCACAAATGCTTAACGGtcat < 2:2528946/148‑1 (MQ=255) | GAATTATCCATATGGCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCGGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTCACTGCACAAATGCTTAACGGTCAT > CP009273/1454579‑1454871 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |