Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,461,872 | G→T | 5.7% | pseudogene (2224/2513 nt) | ydbA → | pseudogene, autotransporter homolog; interrupted by IS2 and IS30 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,461,872 | 0 | G | T | 5.7% | 1050.0 / 23.8 | 278 | pseudogene (2224/2513 nt) | ydbA | pseudogene, autotransporter homolog; interrupted by IS2 and IS30 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (136/126); new base T (10/6); total (146/132) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.39e-01 |
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
TCCGTGGGTATCAACGTTTACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCGATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGTTATACCAGCGTTATTGTCGTTAGTGGTGAGTCGTCGGTATATCTGA > CP009273/1461725‑1462019 | ggTATCAACGTTTACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCGATGGCa > 2:1944184/1‑148 (MQ=255) aaCGTTTACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCGATGGCAATACCg < 1:474649/148‑1 (MQ=255) aCGTTTACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCGATGGCAATACCGt < 1:1000106/148‑1 (MQ=255) aCGTTTACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCGATGGCAATACCGt < 1:1000038/148‑1 (MQ=255) tACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCGATGGCAATACCGTTAata > 1:1146951/1‑148 (MQ=255) ggCAGTGATAATAACGTGACGCTGGTTGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCGATGGCAATACCGTTAATATGa < 1:146392/148‑1 (MQ=255) ggCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCGATGGCAATACCGTTAATATGa < 2:456450/148‑1 (MQ=255) gTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCGATGGCAATACCGTTAATATGAAtgg < 2:1673782/148‑1 (MQ=255) tGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCGATGGCAATACCGTTAATATGAAtggt > 1:1324850/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |