| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,514,060 | A→T | 45.9% | P259P (CCA→CCT) | curA → | curcumin/dihydrocurcumin reductase, NADPH‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,514,060 | 0 | A | T | 45.9% | 66.8 / inf | 218 | P259P (CCA→CCT) | curA | curcumin/dihydrocurcumin reductase, NADPH‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (61/57); new base T (44/56); total (105/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
GCGAAAGCGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGAGATGGGGCAATGGGTGAAAGAGGATAAAAT > CP009273/1513917‑1514206 | gCGAAAGCGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCg > 2:1446452/1‑148 (MQ=255) cGAAAGCGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCgg > 2:13202/1‑148 (MQ=255) gAAAGCGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGt < 1:2771556/148‑1 (MQ=255) aGCGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCg > 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gCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCACTGGGTGa > 2:821611/1‑148 (MQ=255) gCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTGa < 1:540627/148‑1 (MQ=255) tACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTGaaa < 1:1471415/148‑1 (MQ=255) agCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTGAAAGAGGa < 1:1287300/148‑1 (MQ=255) agCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTGAAAGAGGa < 2:649348/148‑1 (MQ=255) acctccCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACATTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGATCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCTGAGGGATATGGGGCAATGGGTGAAATAGGATaaa > 1:82773/1‑148 (MQ=255) acctccCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTGAAAGAGGATaaa > 1:350743/1‑148 (MQ=255) accaccCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTGAAAGAGGATaaa < 2:2018725/148‑1 (MQ=255) accaccCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTGAAAGAGGATaaa < 1:2785535/148‑1 (MQ=255) accaccCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTGAAAGAGGATaaa < 2:918470/148‑1 (MQ=255) caccCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGTGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTGAAAGAGGATAAAAt > 1:299195/1‑148 (MQ=255) | GCGAAAGCGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGAGATGGGGCAATGGGTGAAAGAGGATAAAAT > CP009273/1513917‑1514206 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |