| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,572,026 | A→T | 7.2% | L525* (TTA→TAA) | yddA ← | putative multidrug transporter subunit of ABC superfamily, membrane component/ATP‑binding component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,572,026 | 0 | A | T | 7.2% | 769.8 / 34.9 | 249 | L525* (TTA→TAA) | yddA | putative multidrug transporter subunit of ABC superfamily, membrane component/ATP‑binding component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (120/111); new base T (5/13); total (125/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.37e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
ATTTATATCTCCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAGCGATCGTGGTCATGAATA > CP009273/1571879‑1572172 | tttatATCTCCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTaa < 1:2726853/148‑1 (MQ=255) atatCTCCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCg > 1:1601558/1‑148 (MQ=255) ctcCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATa > 2:1315671/1‑148 (MQ=255) ctcCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATa 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |