Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,574,523 | T→A | 100% | L175F (TTA→TTT) | ydeM ← | putative YdeN‑specific sulfatase‑maturating enzyme |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,574,523 | 0 | T | A | 96.3% | 715.0 / 11.9 | 223 | L175F (TTA→TTT) | ydeM | putative YdeN‑specific sulfatase‑maturating enzyme |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/0); new base A (99/115); total (108/115) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.53e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
TTGACATAAACTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTTAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTAATGGACATTAACGTTATTAATGACGGTTAACGTATTAAACTCTACTTGATATGATTTCAGACGCTCGATGGCTGCTATCACTTTTGCAAAAGTACCGTTACCTGAATTACTGCGTCTG > CP009273/1574378‑1574667 | ttGACATAAACTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTaaa < 1:3139091/148‑1 (MQ=255) aCATAAACTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTaaaaaa > 1:423147/1‑148 (MQ=255) aCATAAACTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTaaaaaa < 2:2298491/148‑1 (MQ=255) aTAAACTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAAt > 1:1147748/1‑148 (MQ=255) tAAACTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATg > 1:3285288/1‑148 (MQ=255) tAAACTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATg > 2:1918933/1‑148 (MQ=255) tAAACTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATg > 1:1578703/1‑148 (MQ=255) aaaCTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGa < 2:1543379/148‑1 (MQ=255) aaCTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGAt < 2:261138/148‑1 (MQ=255) cTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATaa < 2:317485/148‑1 (MQ=255) ttGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATaaa < 2:720704/148‑1 (MQ=255) tGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAAc > 2:1083064/1‑148 (MQ=255) gCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAAcc < 1:42950/148‑1 (MQ=255) tAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACAGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTCaa > 2:1452874/1‑148 (MQ=255) 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aGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTAATGGACATTa < 2:291446/148‑1 (MQ=255) gAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTAATGGACATTaa < 2:3433392/148‑1 (MQ=255) aaTCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTAATGGACATTAACGtt < 1:1778333/148‑1 (MQ=255) aaTCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTAATGGACATTAACGtt < 2:2145656/148‑1 (MQ=255) aTCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTAATGGACATTAACGtta < 2:211017/148‑1 (MQ=255) 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cGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTAATGGACATTAACGTTATTAATGACgg > 2:3065409/1‑148 (MQ=255) gAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTAATGGACATTAACGTTATTAATGACGGtt > 2:251543/1‑148 (MQ=255) gtgtTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTAATGGACATTAACGTTATTAATGACGGTTAACg > 2:1602171/1‑148 (MQ=255) gtTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTAATGGACATTAACGTTATTAATGACGGTTAACGTa > 1:1014944/1‑148 (MQ=255) ttCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTAATGGACATTAACGTTATTAATGACGGTTAACGTAt > 1:11294/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |