| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 148,177 | G→T | 7.8% | T181N (ACC→AAC) | yadL ← | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 148,177 | 0 | G | T | 7.8% | 547.5 / 5.3 | 162 | T181N (ACC→AAC) | yadL | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (98/47); new base T (2/15); total (100/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.14e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
CAGTAATGACAGAAACAGAATTATTCTCTTCATCAGCTTACGTTGAGTGGGATGCATATATAGTTCCTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGA > CP009273/148030‑148324 | cAGTAATGACAGAAACAGAATTATTCTCTTCATCAGCTTACGTTGAGTGGGATGCATATATAGTTCCTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACgg > 2:2449965/1‑148 (MQ=255) aGTAATGACAGAAACAGAATTATTCTCTTCATCAGCTTACGTTGAGTGGGATGCATATATAGTTCCTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGt < 1:507067/148‑1 (MQ=255) gTAATGACAGAAACAGAATTATTCTCTTCATCAGCTTACGTTGAGTGGGATGCATATATAGTTCCTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGtt > 1:3192128/1‑148 (MQ=255) aTGACAGAAACAGAATTATTCTCTTCATCAGCTTACGTTGAGTGGGATGCATATATAGTTCCTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTa > 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aaCTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTcc > 1:3373432/1‑148 (MQ=255) aCTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTccc > 1:2971092/1‑148 (MQ=255) ttccccGCAGTGACATTTTTTCCGTTTTTATTTTTTTCCCCCCCCCGGGGTGCACTCATCGTATAATACACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTg < 1:3262432/145‑1 (MQ=255) tccccGCAGTGACTTTTTTTATGTTTTTTTTTTTTACCACCACCCGGCGTGCACACAGCGTATAACACACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGt < 2:1048449/146‑1 (MQ=255) tACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGt > 2:247086/1‑148 (MQ=255) cccGCAGTGACTTTGTTTAGTGTTTTATTTTTTCCCACCACCAGGCGTCCACACACCGTATAAAAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTg < 2:2423825/148‑1 (MQ=255) cAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTCAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCgg > 2:1303820/1‑148 (MQ=255) ttaatttGTTTAGGTTTTTTTTTTTTCCCACGACCCGGGGTGAACACATCTCATAAAACACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGt < 1:1430644/143‑1 (MQ=255) tGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGt > 1:3486124/1‑148 (MQ=255) tGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGt > 1:2654622/1‑148 (MQ=255) tGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGt > 2:1627605/1‑148 (MQ=255) tGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGt > 1:2103226/1‑148 (MQ=255) tttttttAGGTTTGTATTTTTTTCCACGACCTGGCGTGCACTCATGGTATAATACACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACa < 2:2886685/144‑1 (MQ=255) ttGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAg > 1:1904814/1‑148 (MQ=255) cGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCa > 1:2496478/1‑148 (MQ=255) gTTTTATTTTTTCCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATACACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGa < 2:243882/148‑1 (MQ=255) | CAGTAATGACAGAAACAGAATTATTCTCTTCATCAGCTTACGTTGAGTGGGATGCATATATAGTTCCTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGA > CP009273/148030‑148324 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |