Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,598,250 | G→T | 33.1% | T325T (ACG→ACT) | lsrC → | autoinducer 2 import system permease protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,598,250 | 0 | G | T | 33.1% | 295.3 / 141.8 | 175 | T325T (ACG→ACT) | lsrC | autoinducer 2 import system permease protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (57/60); new base T (30/28); total (87/88) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 |
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
TAGCGTACTGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGAT > CP009273/1598103‑1598396 | aGCGTACTGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGc > 1:3247603/1‑148 (MQ=255) cGTACTGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCa > 2:3317636/1‑148 (MQ=255) cGTACTGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCa > 2:2335920/1‑148 (MQ=255) aCTGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCg > 2:386851/1‑148 (MQ=255) tGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGcc < 2:2279595/148‑1 (MQ=255) tGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGcc > 1:531605/1‑148 (MQ=255) ggTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCa > 1:595725/1‑148 (MQ=255) gTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCAt < 2:1236698/148‑1 (MQ=255) tGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATc > 1:923135/1‑148 (MQ=255) tGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATc > 1:243957/1‑148 (MQ=255) tGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCAGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGTGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATc > 1:3497719/1‑148 (MQ=255) ttGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTa > 2:1029691/1‑148 (MQ=255) gcgcATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTaaa > 1:2843276/1‑148 (MQ=255) cgcATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAAc < 1:1609581/148‑1 (MQ=255) ttCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGc < 1:1992995/148‑1 (MQ=255) ttCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGc < 2:1890307/148‑1 (MQ=255) ttCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGc < 2:3327599/148‑1 (MQ=255) tCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCt > 2:2962295/1‑148 (MQ=255) tCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCt > 2:3010294/1‑148 (MQ=255) ccGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCtt < 1:1326974/148‑1 (MQ=255) cGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTc > 1:500105/1‑148 (MQ=255) gCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGt < 2:701532/148‑1 (MQ=255) gCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGt > 2:2678734/1‑148 (MQ=255) cATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTc > 1:3124120/1‑148 (MQ=255) aTGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCa > 1:1797965/1‑148 (MQ=255) tggtggAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAg < 2:2935710/148‑1 (MQ=255) tggtggAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAg < 2:2935728/148‑1 (MQ=255) tggAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTa > 1:2224996/1‑148 (MQ=255) aTGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTaaaaa < 2:1436251/148‑1 (MQ=255) tttATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACggg > 2:967293/1‑148 (MQ=255) tttATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACggg < 1:3075338/148‑1 (MQ=255) ttATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGa < 2:125646/148‑1 (MQ=255) tATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCATGTAAAAAACGGGAg > 2:254740/1‑148 (MQ=255) cgGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGc < 2:2960830/148‑1 (MQ=255) tCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATaa < 2:676447/148‑1 (MQ=255) ggTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGc > 2:1284211/1‑148 (MQ=255) ggTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGc > 2:1677923/1‑148 (MQ=255) gTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCg > 2:3233737/1‑148 (MQ=255) gTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCg > 1:782087/1‑148 (MQ=255) gTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCg < 1:2175692/148‑1 (MQ=255) ttCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGt > 1:2083477/1‑148 (MQ=255) ctgctgGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTAt < 1:1334289/148‑1 (MQ=255) ctgctgGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTAt < 1:1334637/148‑1 (MQ=255) tgGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGc < 1:196033/148‑1 (MQ=255) ggCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCt < 1:1009434/148‑1 (MQ=255) gCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTa > 2:517360/1‑148 (MQ=255) gCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTa < 1:2634666/148‑1 (MQ=255) tGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGt > 2:2361969/1‑148 (MQ=255) tGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGATTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGt < 1:2724508/148‑1 (MQ=255) ggTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTggg > 2:746264/1‑148 (MQ=255) gtgtTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGa < 1:1321954/148‑1 (MQ=255) tgtTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGaa < 2:3247603/148‑1 (MQ=255) gtTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAAc > 2:1998328/1‑148 (MQ=255) tGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTgg > 2:583202/1‑148 (MQ=255) tGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGctc < 1:2678734/148‑1 (MQ=255) tGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCa < 1:2794318/148‑1 (MQ=255) gCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCAc > 1:2336490/1‑148 (MQ=255) cGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACt > 2:2680274/1‑148 (MQ=255) ttGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGc > 1:3411962/1‑148 (MQ=255) tgtgCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCt < 1:3319187/148‑1 (MQ=255) tgtgCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCt > 1:31439/1‑148 (MQ=255) tgCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCg < 2:2863558/148‑1 (MQ=255) tgCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCg < 2:3419919/148‑1 (MQ=255) cgcTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGtt < 1:3273474/148‑1 (MQ=255) gcTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTa < 1:1793981/148‑1 (MQ=255) cTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTAt > 1:1168892/1‑148 (MQ=255) cTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTAt > 1:1165985/1‑148 (MQ=255) cTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTAt > 1:506059/1‑148 (MQ=255) gTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGAtt < 2:2119359/148‑1 (MQ=255) tAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTg < 1:3029616/148‑1 (MQ=255) aaTCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGt < 1:2805355/148‑1 (MQ=255) aaTCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGt < 1:1705479/148‑1 (MQ=255) tCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCg > 2:2053803/1‑148 (MQ=255) tCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCg > 2:1747629/1‑148 (MQ=255) cTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGc > 2:2668551/1‑148 (MQ=255) cTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGc > 2:2181933/1‑148 (MQ=255) cTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGc > 2:1748646/1‑148 (MQ=255) aCGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCAt < 1:1611049/148‑1 (MQ=255) cggcggCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCAtt < 2:1168892/148‑1 (MQ=255) ggcAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGt < 2:1598269/148‑1 (MQ=255) gcAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTg < 2:1258321/148‑1 (MQ=255) gcAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTg < 1:3233133/148‑1 (MQ=255) aaaaaTATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCa > 2:3196005/1‑148 (MQ=255) aaaaTATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCaa > 2:468616/1‑148 (MQ=255) aaaTATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAAt < 2:923135/148‑1 (MQ=255) aaaTATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAAt < 2:3497719/148‑1 (MQ=255) aaaTATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAAt > 1:2308727/1‑148 (MQ=255) atatGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTa < 2:1499448/148‑1 (MQ=255) atatGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTa > 1:2894735/1‑148 (MQ=255) atatGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTa > 2:2850935/1‑148 (MQ=255) tatGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTaa < 1:1012346/148‑1 (MQ=255) atGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAAc < 1:3536252/148‑1 (MQ=255) cccGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCcg > 2:2606171/1‑148 (MQ=255) cccGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCcg > 2:3496789/1‑148 (MQ=255) ccGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCcgc < 2:2224996/148‑1 (MQ=255) cTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGaa < 1:853458/148‑1 (MQ=255) cTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGaa > 2:3279572/1‑148 (MQ=255) tttATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAAt < 1:2784291/148‑1 (MQ=255) tGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCACTTAACCCGCGAATGTTa > 2:2560953/1‑148 (MQ=255) gACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAg < 1:3491721/148‑1 (MQ=255) | TAGCGTACTGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGAT > CP009273/1598103‑1598396 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |