Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,617,498 | G→T | 38.7% | R204S (CGC→AGC) | dgcZ ← | diguanylate cyclase, zinc‑sensing |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,617,498 | 0 | G | T | 38.7% | 311.3 / 236.2 | 240 | R204S (CGC→AGC) | dgcZ | diguanylate cyclase, zinc‑sensing |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (81/66); new base T (49/44); total (130/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.90e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
CACCTGCTGTCACGGTAATGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATCACGCGTCCAACTGGCTAAGTAAGTTGCCAGGGTGCGTAATACTACATCGCCGATTAAATGCCCGTAGGTATCATTAACCAATTTAAATCGGTCAATATCCAACAACATTAAATAAAGATTCAGAGGCTC > CP009273/1617351‑1617645 | acCTGCTGTCACGGTAATGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGa < 1:395481/148‑1 (MQ=255) tgTCACGGTAATGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAAcc > 2:2582648/1‑148 (MQ=255) gTCACGGTAATGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCg > 2:2249215/1‑148 (MQ=255) cACGGTAATGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGtt < 1:2440153/148‑1 (MQ=255) aCGGTAATGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGttt > 2:1627853/1‑148 (MQ=255) gTAATGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGt < 1:1083471/148‑1 (MQ=255) tAATGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTa < 1:3279527/148‑1 (MQ=255) tGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCTATAAACCGTTTCGTAATc > 2:1196376/1‑148 (MQ=255) tGTTGATATGCCCTTCAGAATGTGTGATGGCATGGTTATCGACTAACTGGCAAATTCTGACACCTGCACGACATGCTTCTTCATCATTAGCCGCTTTGACAATAATGATAAATTCTTCGCCCCCGTAGCGATAAACCGTTTCGTAATc < 2:1240720/148‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |