Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,622,209 | G→T | 36.8% | V146F (GTT→TTT) | ydfG → | NADP‑dependent 3‑hydroxy acid dehydrogenase; malonic semialdehyde reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,622,209 | 0 | G | T | 36.8% | 311.8 / 203.8 | 217 | V146F (GTT→TTT) | ydfG | NADP‑dependent 3‑hydroxy acid dehydrogenase; malonic semialdehyde reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (65/72); new base T (36/44); total (101/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.79e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
AGACTGGGAAACGATGATTGATACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGTTTTCCAATGTCCGCTTTAAAGGCGATGAC > CP009273/1622064‑1622355 | aGACTGGGAAACGATGATTGATACCAACAACAACGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACttt < 1:1510523/148‑1 (MQ=255) aGACTGGGAAACGATGATTGATACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGtt > 1:727735/1‑148 (MQ=255) gACTGGGAAACGATGATTGATACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACtttt < 1:1092610/148‑1 (MQ=255) aCTGGGAAACGATGATTGATACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACTTTTa < 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cGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGTTTTCCAATGTCCGCTTTAAAGGCGATGAc < 2:1343893/148‑1 (MQ=255) | AGACTGGGAAACGATGATTGATACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGTTTTCCAATGTCCGCTTTAAAGGCGATGAC > CP009273/1622064‑1622355 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |