| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,659,882 | C→A | 8.9% | S104* (TCG→TAG) | clcB → | H(+)/Cl(‑) exchange transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,659,882 | 0 | C | A | 8.9% | 715.9 / 29.9 | 201 | S104* (TCG→TAG) | clcB | H(+)/Cl(‑) exchange transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (91/92); new base A (11/7); total (102/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
AACTCCGGCGCTCGGCGGACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGC > CP009273/1659736‑1660029 | aCTCCGGCGCTCGGCGGACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGc > 1:338004/1‑148 (MQ=255) aCTCCGGCGCTCGGCGGACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGc > 2:3142102/1‑148 (MQ=255) cGGCGCTCGGCGGACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGc > 1:3128389/1‑148 (MQ=255) ggCGCTCGGCGGACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGcc < 1:1575667/148‑1 (MQ=255) gcgcTCGGCGGACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCct < 2:1985106/148‑1 (MQ=255) gcTCGGCGGACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCctct < 2:1843429/148‑1 (MQ=255) gcggACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTctgct > 2:4668/1‑148 (MQ=255) ggACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTgg < 2:253279/148‑1 (MQ=255) aCTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGgta > 1:176970/1‑148 (MQ=255) aCTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGgta > 1:176303/1‑148 (MQ=255) cggcggGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCAATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAAc < 2:641783/148‑1 (MQ=255) ggcggGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAAcc < 2:3055037/148‑1 (MQ=255) gTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCgg < 2:568135/148‑1 (MQ=255) tttGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGc > 1:561849/1‑148 (MQ=255) ttgttgCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCa > 1:2576874/1‑148 (MQ=255) tgCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGc > 1:100634/1‑148 (MQ=255) gCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCa < 1:136537/148‑1 (MQ=255) cTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCaa < 2:712775/148‑1 (MQ=255) gATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAAtt < 2:1429602/148‑1 (MQ=255) gCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTcg > 2:3497124/1‑148 (MQ=255) gCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTcg > 1:1275578/1‑148 (MQ=255) gCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATAGGTcg > 1:3061290/1‑148 (MQ=255) tGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTcgcg < 1:2821987/148‑1 (MQ=255) ggCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGa < 1:2865936/148‑1 (MQ=255) 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aTTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCg > 2:2468217/1‑148 (MQ=255) ttACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCgat > 2:2909596/1‑148 (MQ=255) ttACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCgat < 2:1005897/148‑1 (MQ=255) tACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCgatg < 1:434252/148‑1 (MQ=255) cccAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCgatgat > 2:1116990/1‑148 (MQ=255) cccAACAAAGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACCGGTCGATTACCCACCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCgatgag > 2:1830219/1‑147 (MQ=255) ccAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGAtt < 2:1501422/148‑1 (MQ=255) ccAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGAtt > 2:654930/1‑148 (MQ=255) aacaacGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCt < 1:1958288/148‑1 (MQ=255) acaacGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCtt < 1:59947/148‑1 (MQ=255) acaacGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCtt < 1:1655160/148‑1 (MQ=255) aacGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCtttt < 1:1594759/148‑1 (MQ=255) acGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGACGGTGCGATGATTCTTTTa > 2:2105187/1‑148 (MQ=255) gCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGc < 1:1629214/148‑1 (MQ=255) cccTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCt > 1:1051281/1‑148 (MQ=255) 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cGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTgg < 2:2079901/148‑1 (MQ=255) cGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTgg < 2:286028/148‑1 (MQ=255) ttACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGaaa < 2:2985619/148‑1 (MQ=255) ttACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGaaa < 1:2142980/148‑1 (MQ=255) cGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTa > 1:2164350/1‑148 (MQ=255) 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cGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCcgc > 1:2348643/1‑148 (MQ=255) | AACTCCGGCGCTCGGCGGACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGC > CP009273/1659736‑1660029 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |