| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,692,573 | C→A | 100% | D289Y (GAT→TAT) | malI ← | transcriptional repressor of Mal regulon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,692,573 | 0 | C | A | 95.9% | 510.7 / 11.2 | 195 | D289Y (GAT→TAT) | malI | transcriptional repressor of Mal regulon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/4); new base A (80/102); total (84/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
CGGGCGGGAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTCGGG > CP009273/1692428‑1692715 | cgggAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTaaa < 1:1512640/148‑1 (MQ=255) gAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATgc < 1:2314915/148‑1 (MQ=255) gAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATgc > 1:1024864/1‑148 (MQ=255) ataataAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATgccg > 1:1242988/1‑148 (MQ=255) ataataAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATgccg > 1:2181119/1‑148 (MQ=255) taataaGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATgccgc < 2:2015059/148‑1 (MQ=255) taataaGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGGTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATgccgc < 2:2015502/148‑1 (MQ=255) aataaGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATgccgcc < 1:941483/148‑1 (MQ=255) aataaGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATgccgcc < 2:622998/148‑1 (MQ=255) 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tggtGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATg > 1:1432122/1‑148 (MQ=255) tggtGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATg < 2:75895/148‑1 (MQ=255) gtgtCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGt < 1:1988834/148‑1 (MQ=255) gtgtCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGt < 2:670884/148‑1 (MQ=255) tgtCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTc < 2:3090310/148‑1 (MQ=255) tgtCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTc < 2:1321258/148‑1 (MQ=255) | CGGGCGGGAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTCGGG > CP009273/1692428‑1692715 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |