| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,717,809 | G→A | 6.2% | V478I (GTC→ATC) | ydhK → | putative efflux protein (PET) component of YdhJK efflux pump |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,717,809 | 0 | G | A | 6.2% | 752.6 / 23.4 | 209 | V478I (GTC→ATC) | ydhK | putative efflux protein (PET) component of YdhJK efflux pump |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (97/99); new base A (10/3); total (107/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.34e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
CTGATGGTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCTCGTAAAAGCCGCCGCCATATTCGCGCGCTGC > CP009273/1717665‑1717956 | cTGATGGTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCa < 1:406692/148‑1 (MQ=255)cTGATGGTCAAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGAAGCTTCTTAAATTGCAGATGACAAAATTTGTCTCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTATTATCGCTGTCa > 1:2237140/1‑148 (MQ=255) aTGGTCCAGATTAGCGATCTGTTGCAATTTTTAATGTTTCTCTTTCCACTGCTTGCGACAATTCATCTTCTTATATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGAATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTa < 1:1043133/148‑1 (MQ=255) gTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATc > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |