| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,755,150 | A→T | 26.4% | L300* (TTG→TAG) | sufD ← | component of SufBCD Fe‑S cluster assembly scaffold |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,755,150 | 0 | A | T | 26.4% | 383.6 / 154.3 | 204 | L300* (TTG→TAG) | sufD | component of SufBCD Fe‑S cluster assembly scaffold |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (71/79); new base T (24/30); total (95/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
AGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTACGGGTATCACACACCTCGTTTTTCACCGGCATCGCCAGGCTATTGATCCGCAGCGTGCTGTTTTCGCCATTGAGTTGCGTACTGGTGTTGTGTCGTAACAC > CP009273/1755003‑1755295 | gCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCaa > 1:2062487/1‑148 (MQ=255) cTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCTAc < 2:2895108/148‑1 (MQ=255) cGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCTACTGt < 2:566651/148‑1 (MQ=255) cGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCTACTGt > 2:74566/1‑148 (MQ=255) tttCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCTACTGTCgg > 2:2267013/1‑148 (MQ=255) tttCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCgg > 2:3197580/1‑148 (MQ=255) ttCGTATCCACTTGCGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTTGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGAGCGGACTGTGGCGCTGTCGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGc < 1:534554/148‑1 (MQ=255) ttCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGc < 2:1287198/148‑1 (MQ=255) gTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGt < 1:3181329/148‑1 (MQ=255) aTCCACTTCCGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCTACTGTCGGCTGTTa > 2:662294/1‑148 (MQ=255) aTCCACTTCCGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTa < 2:1528479/148‑1 (MQ=255) tCCACTTCCGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTAc > 2:3311411/1‑148 (MQ=255) ccACTTCCGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACa > 1:1849463/1‑148 (MQ=255) aCTTCCGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCTACTGTCGGCTGTTACaaa > 2:1122182/1‑148 (MQ=255) cTTCCGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCTACTGTCGGCTGTTACaaaa < 2:1223932/148‑1 (MQ=255) cTTCCGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACaaaa < 2:1955992/148‑1 (MQ=255) ccGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAAcc < 2:2102533/148‑1 (MQ=255) cGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCt < 2:2027518/148‑1 (MQ=255) ccAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCttt < 1:848830/148‑1 (MQ=255) cAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTa > 1:382984/1‑148 (MQ=255) gTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTAtt < 2:544818/148‑1 (MQ=255) ttGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATtgt > 2:657056/1‑148 (MQ=255) ttGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATtgt < 1:2348340/148‑1 (MQ=255) tGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATtgtg < 1:276002/148‑1 (MQ=255) ccATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTc < 2:3248286/148‑1 (MQ=255) cATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCTACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTcc > 2:3246819/1‑148 (MQ=255) cATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCTACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTcc > 2:1479882/1‑148 (MQ=255) cATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTcc < 2:912108/148‑1 (MQ=255) gcagATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCTACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTccagcca > 2:3114710/1‑148 (MQ=255) gcagATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTccagcca < 2:1082617/148‑1 (MQ=255) gATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGt > 1:5775/1‑148 (MQ=255) gATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGt > 2:1638065/1‑148 (MQ=255) aTTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTa > 1:3121390/1‑148 (MQ=255) aTTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTa > 2:295419/1‑148 (MQ=255) aTTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCATTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTa > 2:26732/1‑148 (MQ=255) ttgGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTACGGGTAt > 2:3187776/1‑148 (MQ=255) ggTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTACGGGTATca < 1:2545407/148‑1 (MQ=255) tCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTACGGGTATcaca > 1:2024546/1‑148 (MQ=255) cATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGAGCAACTGTCGGCTGATACAAAAACCTTTATTTTGTTCCAGCCAGGTACTGGTATcacac > 2:1835907/1‑148 (MQ=255) 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ccATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTACGGGTATCACACACCTCGt < 1:2528195/148‑1 (MQ=255) cATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCTACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTACGGGTATCACACACCTCGtt < 1:134755/148‑1 (MQ=255) cATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCTACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTACGGGTATCACACACCTCGtt < 1:1848925/148‑1 (MQ=255) tCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCTACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTACGGGTATCACACACCTCGtttt > 1:3525262/1‑148 (MQ=255) tCCGTTATGATGGCGTGCTGCGCGACTATGATCAAACCGTTAAATACCTCGAGGCATTTGTAGCTGACGATAGTTTTGTGCTACTGTCGGCAGTTACAAAAACCTTTATTGGGTTACATCCAGGTACGGGTATCACACACCACGtttt > 2:584848/1‑148 (MQ=255) 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ttGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTACGGGTATCACACACCTCGTTTTTCACCGGCATCGCCAGGCTATTGATCCGCAGCGTGCTGTTTTCGCCATTGAGTTGCGTACTGGTGTTGTGTCGTa < 1:3337457/148‑1 (MQ=255) | AGCTGCGGTTTCGTATCCACTTCCGCCAGTTTGCCCATCAGCAGATTGTTGTTGGTCATCTGACCATCCGTTTTGATGGCGTGCTGCGCGACGTTGATCAAACCGTTAAATACCGCGCGGCCTTTGTCGCTGACGATAGTTTTGTGCAACTGTCGGCTGTTACAAAAACCTTTATTGTGTTCCAGCCAGGTACGGGTATCACACACCTCGTTTTTCACCGGCATCGCCAGGCTATTGATCCGCAGCGTGCTGTTTTCGCCATTGAGTTGCGTACTGGTGTTGTGTCGTAACAC > CP009273/1755003‑1755295 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |