Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,767,220 | T→A | 12.3% | F151Y (TTC→TAC) | ydiN → | MFS transporter superfamily protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,767,220 | 0 | T | A | 12.3% | 669.9 / 71.1 | 228 | F151Y (TTC→TAC) | ydiN | MFS transporter superfamily protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (97/103); new base A (10/18); total (107/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.30e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
TCTCGCCTACGGTCTGGCAGTGTGCGTAGGTATCGCTAACTCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAAC > CP009273/1767074‑1767364 | tctcGCCTACGGTCTGGCAGTGTGCGTAGGTATCGCTAACTCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTc < 1:1537171/148‑1 (MQ=255) cTACGGTCTGGCAGTGTGCGTAGGTATCGCTAACTCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCa < 1:3118080/148‑1 (MQ=255) cTACGGTCTGGCAGTGTGCGTAGGTATCGCTAACTCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCa < 2:3511027/148‑1 (MQ=255) cTACGGTCTGGCAGTGTGCGTAGGTATCGCTAACTCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCa < 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cAGTGTGCGTAGGTATCGCTAACTCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCTCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTACTACCCAATGCTGGTGAg < 1:3420693/148‑1 (MQ=255) gtgtGCGTAGGTATCGCTAACTCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCt < 1:1047234/148‑1 (MQ=255) gtgtGCGTAGGTATCGCTAACTCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCt > 1:1909545/1‑148 (MQ=255) tgtgCGTAGGTATCGCTAACTCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCta > 1:2783288/1‑148 (MQ=255) gCGTAGGTATCGCGAACTCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTATACCCAATGCTGGTGAGCTatat < 1:1639929/148‑1 (MQ=255) 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gtCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTtggtg < 1:1650435/148‑1 (MQ=255) tCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTtggtgg > 1:1370358/1‑148 (MQ=255) tttGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACg > 2:2003083/1‑148 (MQ=255) tttGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACg < 2:3467254/148‑1 (MQ=255) ttGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGc > 2:266949/1‑148 (MQ=255) ttGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGc < 2:1761731/148‑1 (MQ=255) ttGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGc < 1:2283277/148‑1 (MQ=255) ttGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGc > 2:3307219/1‑148 (MQ=255) ggCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAg > 1:3339449/1‑148 (MQ=255) ggCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAg > 2:2876932/1‑148 (MQ=255) cAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCg < 2:1165120/148‑1 (MQ=255) | TCTCGCCTACGGTCTGGCAGTGTGCGTAGGTATCGCTAACTCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAAC > CP009273/1767074‑1767364 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |