Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,768,689 | C→A | 100% | S215* (TCA→TAA) | ydiB → | quinate/shikimate 5‑dehydrogenase, NAD(P)‑binding |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,768,689 | 0 | C | A | 95.2% | 635.0 / 21.0 | 218 | S215* (TCA→TAA) | ydiB | quinate/shikimate 5‑dehydrogenase, NAD(P)‑binding |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/5); new base A (123/84); total (129/89) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.62e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
TTCGCGCAGCGGGTTAATGAAAACACCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATCATTGGTTAATGATATCAGTCTGTTACATCCGGGACTTCTGGTCACTGAATGCGTGTATAACCCGCATATGACGAAGTTATTGCAGCAGGCGCAACAAGCTGGTTGCAAAACGATTGATGGATACGGCATGTTGTTGTGGCAAGGGG > CP009273/1768544‑1768835 | ttCGCGCAGCGGGTTAATGAAAACACCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGaataat > 2:2118413/1‑148 (MQ=255) cgcAGCGGGTTAATGAAAACACCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGACTGAATAATTGGt > 2:3128600/1‑148 (MQ=255) cgcAGCGGGTTAATGAAAACACCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGt < 1:2759784/148‑1 (MQ=255) cAGCGGGTTAATGAAAACACCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTa < 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gTTAATGAAAACACCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAAGAATTGGTTAATGata > 2:3037634/1‑148 (MQ=255) ttAATGAAAACACCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATCATTGGTTAATGatat < 2:1538879/148‑1 (MQ=255) ttAATGAAAACACCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGatat < 1:1010561/148‑1 (MQ=255) ttAATGAAAACACCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGatat < 2:2275059/148‑1 (MQ=255) tAATGAAAACACCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATc > 2:1547680/1‑148 (MQ=255) tAATGAAAACACCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATc > 1:2414634/1‑148 (MQ=255) aaTGAAAACACCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTTCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATCa < 2:3314879/148‑1 (MQ=255) aaTGAAAACACCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATCa < 2:2212077/148‑1 (MQ=255) aaTGAAAACACCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATCa < 1:2466086/148‑1 (MQ=255) aTGAAAACACCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATCAg < 2:2485855/148‑1 (MQ=255) tGAAAACACCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATCAGt > 1:746500/1‑148 (MQ=255) tGAAAACACCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATCAGt < 2:1687085/148‑1 (MQ=255) tGAAAACACCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATCAGt > 2:1490486/1‑148 (MQ=255) aaaaCACCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATCAGTCt < 2:1349040/148‑1 (MQ=255) acacCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATCAGTCTGtt > 1:1440993/1‑148 (MQ=255) cacCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATCAGTCTGTTa > 2:1130014/1‑148 (MQ=255) cacCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATCAGTCTGTTa > 2:1130027/1‑148 (MQ=255) cacCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATCAGTCTGTTa > 2:121202/1‑148 (MQ=255) ccGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATCAGTCTGTTACa < 1:686257/148‑1 (MQ=255) cGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATCAGTCTGTTACAt < 2:1902103/148‑1 (MQ=255) tgtgTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATCAGTCTGTTACATCCgg > 2:278392/1‑148 (MQ=255) tgtCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATCAGTCTGTTACATCCGGGa < 2:1095283/148‑1 (MQ=255) gtcgtcACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATCAGTCTGTTACATCCGGGAc < 1:2999936/148‑1 (MQ=255) cgtcACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATCAGTCTGTTACATCCGGGACtt > 2:1821082/1‑148 (MQ=255) gtcACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATCAGTCTGTTACATCCGGGACTTc < 2:3211115/148‑1 (MQ=255) gtcACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATCAGTCTGTTACATCCGGGACTTc < 2:365761/148‑1 (MQ=255) tcACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATCAGTCTGTTACATCCGGGACTTCt > 1:3063459/1‑148 (MQ=255) aCGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATCAGTCTGTTACATCCGGGACTTCTgg > 1:642977/1‑148 (MQ=255) cGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATCAGTCTGTTACATCCGGGACTTCTGGt < 2:2722479/148‑1 (MQ=255) ggTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATCAGTCTGTTACATCCGGGACTTCTGGTc < 2:2564214/148‑1 (MQ=255) tCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATCAGTCTGTTACATCCGGGACTTCTGGTCAc < 1:373674/148‑1 (MQ=255) aCCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATCAGTCTGTTACATCCGGGACTTCTGGTCACTg < 1:3218539/148‑1 (MQ=255) ccGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATCAGTCTGTTACATCCGGGACTTCTGGTCACTGa < 1:1550726/148‑1 (MQ=255) cGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATCAGTCTGTTACATCCGGGACTTCTGGTCACTGaa > 1:496288/1‑148 (MQ=255) gATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATAATTGGTTAATGATATCAGTCTGTTACATCCGGGACTTCTGGTCACTGAAt > 1:3527191/1‑148 (MQ=255) 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tCATTGGTTAATGATATCAGTCTGTTACATCCGGGACTTCTGGTCACTGAATGCGTGTATAACCCGCATATGACGAAGTTATTGCAGCAGGCGCAACAAGCTGGTTGCAAAACGATTGATGGATACGGCATGTTGTTGTGGCAAgggg > 2:297546/1‑148 (MQ=255) | TTCGCGCAGCGGGTTAATGAAAACACCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATCATTGGTTAATGATATCAGTCTGTTACATCCGGGACTTCTGGTCACTGAATGCGTGTATAACCCGCATATGACGAAGTTATTGCAGCAGGCGCAACAAGCTGGTTGCAAAACGATTGATGGATACGGCATGTTGTTGTGGCAAGGGG > CP009273/1768544‑1768835 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |