| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,818,738 | C→A | 5.9% | D153Y (GAC→TAC) | ves ← | cold‑ and stress‑inducible protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,818,738 | 0 | C | A | 5.9% | 639.9 / 12.3 | 168 | D153Y (GAC→TAC) | ves | cold‑ and stress‑inducible protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (71/87); new base A (5/5); total (76/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
AGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTTCACTGAACAACAGTTTACCTTGCGGTTGTAAAAGCCGCAGGGTGTGCCTGCCATCGAACCAGCACGCGCCCTGGTCGGTAGTGAGCAATTTATCGCCCAGTTGCCACGCCCCGTTAATCACAAACACCACCCCGCCGCGTGAGCCAAAGGTAGTAAACGTACGTTCGGCAATTCTGACTTTCGCCTTACAGACATCCAGGCGTGTCATGATGTTGAAATCCAT > CP009273/1818592‑1818885 | aGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTTCACTGAACAACAGTTTACCTTGCGGTTGTAAAAGCCGCAGGGTGTGCCTGCCATCGAACCAGCACGCGCCCTGGTCg > 2:3388991/1‑148 (MQ=255) gctTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTTCACTGAACAACAGTTTACCTTGCGGTTGTAAAAGCCGCAGGGTGTGCCTGCCATCGAACCAGCACGCGCCCTGGTCGGTAGTGa < 2:3535797/148‑1 (MQ=255) ttCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTTCACTGAACAACAGTTTACCTTGCGGTTGTAAAAGCCGCAGGGTGTGCCTGCCATCGAACCAGCACGCGCCCTGGTCGGTAGTGAGCa > 2:2684554/1‑148 (MQ=255) ttCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTTCACTGAACAACAGTTTACCTTGCGGTTGTAAAAGCCGCAGGGTGTGCCTGCCATCGAACCAGCACGCGCCCTGGTCGGTAGTGAGCa > 2:2684526/1‑148 (MQ=255) tCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTTCACTGAACAACAGTTTACCTTGCGGTTGTAAAAGCCGCAGGGTGTGCCTGCCATCGAACCAGCACGCGCCCTGGTCGGTAGTGAGCaa > 1:2950384/1‑148 (MQ=255) ccGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTTCACTGAACAACAGTTTACCTTGCGGTTGTAAAAGCCGCAGGGTGTGCCTGCCATCGAACCAGCACGCGCCCTGGTCGGTAGTGAGCAAt < 2:3126864/148‑1 (MQ=255) cGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTTCACTGAACAACAGTTTACCTTGCGGTTGTAAAAGCCGCAGGGTGTGCCTGCCATCGAACCAGCACGCGCCCTGGTCGGTAGTGAGCAAtt < 2:2545810/148‑1 (MQ=255) ggTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTTCACTGAACAACAGTTTACCTTGCGGTTGTAAAAGCCGCAGGGTGTGCCTGCCATCGAACCAGCACGCGCCCTGGTCGGTAGTGAGCAAttt > 1:999896/1‑148 (MQ=255) gTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTTCACTGAACAACAGTTTACCTTGCGGTTGTAAAAGCCGCAGGGTGTGCCTGCCATCGAACCAGCACGCGCCCTGGTAGGTAGTGAGCAATTTa < 1:978559/148‑1 (MQ=255) 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cGGTAGTGAGCAATTTATCGCCCAGTTGCCACGCCCCGTTAATCACAAACACCACCCCGCCGCGTGAGCCAAAGGTAGTAAACGTACGTTCGGCAATTCTGACTTTCGCCTTACAGACATCCAGGCGTGTCATGATGTTGAAATCCAt > 1:870735/1‑148 (MQ=255) | AGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTTCACTGAACAACAGTTTACCTTGCGGTTGTAAAAGCCGCAGGGTGTGCCTGCCATCGAACCAGCACGCGCCCTGGTCGGTAGTGAGCAATTTATCGCCCAGTTGCCACGCCCCGTTAATCACAAACACCACCCCGCCGCGTGAGCCAAAGGTAGTAAACGTACGTTCGGCAATTCTGACTTTCGCCTTACAGACATCCAGGCGTGTCATGATGTTGAAATCCAT > CP009273/1818592‑1818885 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |