| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,865,000 | C→A | 100% | P120Q (CCA→CAA) | yeaI → | putative membrane‑anchored diguanylate cyclase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,865,000 | 0 | C | A | 97.7% | 797.6 / 7.1 | 255 | P120Q (CCA→CAA) | yeaI | putative membrane‑anchored diguanylate cyclase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/3); new base A (115/134); total (118/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
TTACTACCTTATATAACGAAAACACAAATGTAAAACTCATCCCACAGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACCAACACTCATTTTAAGCCTTGCATTTTTAAGTGGCCTTATCTATTTAGTTGAAACCATTGTAATTATCCATAAACCAATTAACGGCAGTACACTGATCCAGACAAAGTCGAATGATGTTTCTATTTTCTATATTTTCCGCCAACT > CP009273/1864856‑1865144 | ttACTACCTTATATAACGAAAACACAAATGTAAAACTCATCCCACAGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACAAac < 1:641508/148‑1 (MQ=255) tactacCTTATATAACGAAAACACAAATGTAAAACTCATCCCACAGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACAAaca < 1:2745936/148‑1 (MQ=255) tactacCTTATATAACGAAAACACAAATGTAAAACTCATCCCACAGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACAAaca > 1:1781076/1‑148 (MQ=255) tacCTTATATAACGAAAACACAAATGTAAAACTCATCCCACAGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACAAACACTc > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |