Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 172,107 | G→T | 5.4% | E172* (GAA→TAA) | clcA → | H(+)/Cl(‑) exchange transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 172,107 | 0 | G | T | 5.4% | 631.9 / 9.4 | 166 | E172* (GAA→TAA) | clcA | H(+)/Cl(‑) exchange transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (87/70); new base T (4/5); total (91/75) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.33e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
CGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGTATTTATT > CP009273/171960‑172253 | cGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACg > 2:1777820/1‑148 (MQ=255) cGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACg > 2:1778123/1‑148 (MQ=255) cTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGaa > 1:2892149/1‑148 (MQ=255) gtggCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCt > 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ccTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTaaa > 2:2970026/1‑148 (MQ=255) ccTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTaaa > 1:2777480/1‑148 (MQ=255) tGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGc > 2:2210119/1‑148 (MQ=255) tGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGc > 2:2210108/1‑148 (MQ=255) gAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCg > 1:2664386/1‑148 (MQ=255) aaaGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCgg > 1:3137578/1‑148 (MQ=255) aaGGTGACTAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGt < 1:1944139/148‑1 (MQ=255) aaGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGt > 2:3383465/1‑148 (MQ=255) aGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGta < 1:1048002/148‑1 (MQ=255) aGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGta < 1:3438410/148‑1 (MQ=255) aGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGta < 1:3438608/148‑1 (MQ=255) ggTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGtat > 1:218186/1‑148 (MQ=255) tGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGtattt < 1:918911/148‑1 (MQ=255) gACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGtattta > 1:3314294/1‑148 (MQ=255) aCGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGtatttat > 1:3293895/1‑148 (MQ=255) cGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGtatttatt < 1:2451441/148‑1 (MQ=255) | CGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGTATTTATT > CP009273/171960‑172253 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |