| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,940,498 | G→T | 100% | intergenic (‑61/‑10) | yobI ← / → yebB | uncharacterized protein/DUF830 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,940,498 | 0 | G | T | 97.6% | 802.9 / 8.7 | 255 | intergenic (‑61/‑10) | yobI/yebB | uncharacterized protein/DUF830 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/5); new base T (114/134); total (116/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
GTATAATTTATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGGAATGACAACGTGAATATTAATTACCCTGCTGAATATGAAATTGGAGATATCGTCTTTACATGTATAGGTGCTGCCTTATTTGGTCAAATATCAGCTGCATCAAATTGCTGGAGTAATCACGTCGGGATCATTATCGGTCATAAC > CP009273/1940353‑1940642 | tataATTTATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGTAAt < 1:3193896/148‑1 (MQ=255) ataATTTATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGTAATg > 2:595742/1‑148 (MQ=255) ataATTTATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGTAATg > 2:2381321/1‑148 (MQ=255) taATTTATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGTAATGa < 2:1796642/148‑1 (MQ=255) aaTTTATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGTAATGAc > 2:1581801/1‑148 (MQ=255) aTTTATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGTAATGACa < 2:3130859/148‑1 (MQ=255) tttATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGTAATGACaa > 2:519775/1‑148 (MQ=255) ttATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGTAATGACAAc > 1:3146951/1‑148 (MQ=255) aTTCTACAGGTTATATTGGAAGAAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGTAATGACAACGt < 2:2853022/148‑1 (MQ=255) 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aTGTAATGACAACGTGAATATTAATTACCCTGCTGAATATGAAATTGGAGATATCGTCTTTACATGTATAGGTGCTGCCTTATTTGGTCGAATATCAGCTGCATCAAATTGCTGGAGTAATCACGTCGGGATCATTATCGGTCATAAc > 2:888765/1‑148 (MQ=255) | GTATAATTTATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGGAATGACAACGTGAATATTAATTACCCTGCTGAATATGAAATTGGAGATATCGTCTTTACATGTATAGGTGCTGCCTTATTTGGTCAAATATCAGCTGCATCAAATTGCTGGAGTAATCACGTCGGGATCATTATCGGTCATAAC > CP009273/1940353‑1940642 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |