| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,951,334 | C→A | 100% | T352T (ACG→ACT) | torY ← | TMAO reductase III (TorYZ), cytochrome c‑type subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,951,334 | 0 | C | A | 98.6% | 749.2 / 0.8 | 233 | T352T (ACG→ACT) | torY | TMAO reductase III (TorYZ), cytochrome c‑type subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/2); new base A (126/103); total (128/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
GTGCTGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATCACTGTTTCTCGGTAATATCTTTGGCGTTGTACTGGAAATACCGCGTTAAAATGTCCAGTTCGTTTTCGCTCATGCTGGTTCGTGCCCCCATTCCTTTGGCAATGGACGGCCACGCATTGACGGTGTAATGGTCGGCGGCAATAGGGGCATGACAACCAGCGCAATAGGTATCGTCAAGTTTTTCAGCG > CP009273/1951189‑1951478 | gTGCTGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATCACTGTTTCTCGGTAATATCTTTGGCGTTGTACTGGAAATACCGAGt < 2:2826293/148‑1 (MQ=255) gctgcCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATCACTGTTTCTCGGTAATATCTTTGGCGTTGTACTGGAAATACCGAGTTa < 2:1631012/148‑1 (MQ=255) tgcCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATCACTGTTTCTCGGTAATATCTTTGGCGTTGTACTGGAAATACCGAGTTaaa < 1:1148046/148‑1 (MQ=255) tgcCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATCACTGTTTCTCGGTAATATCTTTGGCGTTGTACTGGAAATACCGAGTTaaa < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |