| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,979,674 | C→T | 10.9% | intergenic (‑65/‑732) | araF ← / → ftnB | L‑arabinose transporter subunit/ferritin B, putative ferrous iron reservoir |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,979,674 | 0 | C | T | 10.9% | 649.1 / 53.0 | 230 | intergenic (‑65/‑732) | araF/ftnB | L‑arabinose transporter subunit/ferritin B, putative ferrous iron reservoir |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (72/117); new base T (8/16); total (97/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
GCTTCAGGTTCTCCGCCATAGCGGATTGTGACATAACGGCTGCCAGACCAATGGCTGCCAGGGCTTTAGTAAATTTGTGCATGGTTCTCTCCAGCTTTAGTGTCGTTTTGTGTAGGGCAAAAACGAATGACATTCGTTAAATTAATCGGAAAACAAAGCATTACCTTTTAACTAAAAGATAAGTGACTGTGTTGACATAGTTTTAGCGAGAAATTAATTCTCCATAGGAGAGCAATATCACATCGCAGAATTACAGTGAGAACGTGCATAAATTTAGCGGGAAAAGACATAAG > CP009273/1979528‑1979820 | gCTTCAGGTTCTCCGCCATAGCGGATTGTGACATAACGGCTGCCAGACCAATGGCTGCCAGGGCTTTAGTAAATTTGTGCATGGTTCTCTCCAGCTTTAGTGTCGTTTTGTGTAGGGCAAAAAAGAATGAAATTCGTTAAAATAATCg > 1:426212/1‑148 (MQ=255) cTTCAGGTTCTCCGCCATAGCGGATTGTGACATAACGGCTGCCAGACCAATGGCTGCCAGGGCTTTAGTAAATTTGTGCATGGTTCTCTCCAGCTTTAGTGTCGTGTTGTGTAGGGCAAAAAACAATGACATTCGTTAAATTAATAgg > 1:2106796/1‑148 (MQ=255) tCAGGTTCTCCGCCATAGCGGATTGTGACATAACGGCTGCCAGACCAATGGCTGCCAGGGCTTTAGTAAATTTGTGCATGGTTCTCTCCAGCTTTAGTGTCGTGTTGTGTAGGGCAAAAACGAATGACAATCGTTAAATTAATAGGaa > 1:773955/1‑148 (MQ=255) cAGGTTCTCCGCCATAGCGGATTGTGACATAACGGCTGCCAGACCAATGGCTGCCAGGGCTTTAGTAAATTTGTGCATGGTTCTCTCCAGCTTTAGTGTCGTTTTGTGTAGGGCAAAAACGAATGACATTCGTTAAATTAATTGGaaa < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |