Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,122,453 | C→T | 100% | A227T (GCT→ACT) | wcaE ← | putative glycosyl transferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,122,453 | 0 | C | T | 96.4% | 805.0 / 15.4 | 251 | A227T (GCT→ACT) | wcaE | putative glycosyl transferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/3); new base T (122/119); total (129/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.35e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
ACTTTAATAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGCCATTGAGTTTTTTAAATGCATAACCGGCTTTATA > CP009273/2122308‑2122597 | aCTTTAATAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGtcc > 2:2308583/1‑148 (MQ=255) tAATAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCaaaa < 1:834853/148‑1 (MQ=255) aaTAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAg > 1:268139/1‑148 (MQ=255) aTAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGc < 2:2343515/148‑1 (MQ=255) aTAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGc > 2:2617570/1‑148 (MQ=255) aTAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGc < 1:2793810/148‑1 (MQ=255) tAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGcc < 2:1085925/148‑1 (MQ=255) tAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGcc < 2:2081787/148‑1 (MQ=255) aGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCa > 2:351446/1‑148 (MQ=255) aGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCa < 1:2033841/148‑1 (MQ=255) cGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAgg < 1:1094354/148‑1 (MQ=255) tGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAGAGCCAGGcac > 2:3003907/1‑148 (MQ=255) gccgccCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGcaca > 1:2926858/1‑148 (MQ=255) ccgccCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACAt > 2:1461529/1‑148 (MQ=255) ccgccCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACAt < 1:1461529/148‑1 (MQ=255) cgccCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATg < 2:1335119/148‑1 (MQ=255) ccccGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTAGTCTTTGAGGTAGTACGTTGTCGTAAATGCCAGGATAATTCAGACCAAAAGCCAGGCACATGTa > 1:3058541/1‑148 (MQ=255) cccGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTaa < 1:3361596/148‑1 (MQ=255) cccGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTaa < 1:1598913/148‑1 (MQ=255) ccGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAat < 2:597112/148‑1 (MQ=255) cGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAata < 1:682511/148‑1 (MQ=255) cGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAata < 1:681854/148‑1 (MQ=255) aaCCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATAttt > 1:2954730/1‑148 (MQ=255) cccTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGt < 1:2882266/148‑1 (MQ=255) cTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCg < 1:198668/148‑1 (MQ=255) cTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCg < 1:806743/148‑1 (MQ=255) gCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGAc < 2:1043546/148‑1 (MQ=255) gCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGAc < 2:545212/148‑1 (MQ=255) agaAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACtttttt > 2:2551527/1‑148 (MQ=255) aaaCCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTcg > 2:2225231/1‑148 (MQ=255) aaCCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTcgc > 1:2435111/1‑148 (MQ=255) aCCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTcgcg > 1:2548051/1‑148 (MQ=255) aCCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTcgcg > 2:3135349/1‑148 (MQ=255) ccGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGt < 1:3535824/148‑1 (MQ=255) ccGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGt > 2:1912486/1‑148 (MQ=255) ccGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGt > 2:2639674/1‑148 (MQ=255) ttAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGc < 2:1866694/148‑1 (MQ=255) ttAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTGGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGc < 2:1766006/148‑1 (MQ=255) aaaTCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTAGCGTCATcac > 1:466195/1‑148 (MQ=255) aaTCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGcaca < 2:651253/148‑1 (MQ=255) aTCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGcacac > 2:1528305/1‑148 (MQ=255) cTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACaa > 2:2306120/1‑148 (MQ=255) cTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACaa < 2:1019889/148‑1 (MQ=255) cTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACaa < 2:1684231/148‑1 (MQ=255) cATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTcc < 2:3128302/148‑1 (MQ=255) aTTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCTCGTCAGCACACAATTCCa > 2:3058438/1‑148 (MQ=255) aTTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCa > 2:815761/1‑148 (MQ=255) ttGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCat < 1:3211361/148‑1 (MQ=255) tGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCata < 1:1741999/148‑1 (MQ=255) tGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCata > 1:97400/1‑148 (MQ=255) tGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCata < 2:3219469/148‑1 (MQ=255) tttCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCAtattat > 2:2134612/1‑148 (MQ=255) tCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATtg < 2:2869693/148‑1 (MQ=255) ccTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATtgg < 2:1877750/148‑1 (MQ=255) cTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATtggt < 2:1162050/148‑1 (MQ=255) ttATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATACCATATTATtggtg > 1:1418902/1‑148 (MQ=255) tataTTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATtggtgg > 1:1055450/1‑148 (MQ=255) atatTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTggtggt < 2:2268484/148‑1 (MQ=255) atTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAg < 2:452645/148‑1 (MQ=255) cAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATa > 1:233661/1‑148 (MQ=255) aGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATAc > 1:415877/1‑148 (MQ=255) aCTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATAccc > 2:2114727/1‑148 (MQ=255) cTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGACAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATAACATATTATTGTTGGTAGATAcccc > 1:1326840/1‑148 (MQ=255) tttGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACccca > 2:276521/1‑148 (MQ=255) ttGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACcccac > 1:1167852/1‑148 (MQ=255) taAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGaa > 1:444227/1‑148 (MQ=255) aGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGaaaa > 2:3244664/1‑148 (MQ=255) aGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGaaaa < 1:2229494/148‑1 (MQ=255) ggCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAAt > 2:2465292/1‑148 (MQ=255) gCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAAtt < 2:4502/148‑1 (MQ=255) gCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAAtt > 2:783839/1‑148 (MQ=255) cGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCATGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGac > 1:1910484/1‑148 (MQ=255) tCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGacac < 1:355551/148‑1 (MQ=255) ttGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAg < 1:339038/148‑1 (MQ=255) aGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACCCCAGGcc > 2:148802/1‑148 (MQ=255) aGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGcc > 1:3486597/1‑148 (MQ=255) ggTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGCCa < 2:329471/148‑1 (MQ=255) ggTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGCCa > 2:1125065/1‑148 (MQ=255) gtagtaCGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCCGGCCAt > 1:2175458/1‑148 (MQ=255) gtaCGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGCCATTGa < 1:2118565/148‑1 (MQ=255) taCGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGCCATTGAg < 2:268139/148‑1 (MQ=255) aCGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGCCATTGAGt < 2:1828534/148‑1 (MQ=255) tGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGCCATTGAGttttt < 1:3135349/148‑1 (MQ=255) tAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGCCATTGAGTTTTTTAAAt < 2:3340963/148‑1 (MQ=255) aaaTGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGCCATTGAGTTTTTTAAATg < 1:358628/148‑1 (MQ=255) aaTGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGCCATTGAGTTTTTTAAATGc < 2:2926858/148‑1 (MQ=255) aaTGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGCCATTGAGTTTTTTAAATGc < 2:1619369/148‑1 (MQ=255) aTGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGCCATTGAGTTTTTTAAATGCa > 2:1100082/1‑148 (MQ=255) aTGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGCCATTGAGTTTTTTAAATGCa < 2:388854/148‑1 (MQ=255) tGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGCCATTGAGTTTTTTAAATGCAt < 2:1971904/148‑1 (MQ=255) tGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGCCATTGAGTTTTTTAAATGCAt > 2:2336367/1‑148 (MQ=255) tGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGCCATTGAGTTTTTTAAATGCAt < 2:776075/148‑1 (MQ=255) tGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGCCATTGAGTTTTTTAAATGCAt < 2:1227444/148‑1 (MQ=255) tGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATAATAGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGCCAGTGAGTTTTTTAAATGCAt > 2:2479099/1‑148 (MQ=255) aGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGCCATTGAGTTTTTTAAATGCATAAcc > 1:974525/1‑148 (MQ=255) gATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGCCATTGAGTTTTTTAAATGCATAACCgg < 1:3239276/148‑1 (MQ=255) aTAATTCAGTCCAAGAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGCCATTGAGTTTTTTAAATGCATAACCGGc < 1:3003907/148‑1 (MQ=255) tCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGCCATTGAGTTTTTTAAATGCATAACCGGCTTtat > 1:935672/1‑148 (MQ=255) tCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGCCATTGAGTTTTTTAAATGCATAACCGGCTTtat < 2:579724/148‑1 (MQ=255) tCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGCCATTGAGTTTTTTAAATGCATAACCGGCTTtat > 1:937395/1‑148 (MQ=255) | ACTTTAATAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGCCATTGAGTTTTTTAAATGCATAACCGGCTTTATA > CP009273/2122308‑2122597 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |