Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,358,641 | G→T | 100% | I153I (ATC→ATA) | ais ← | putative LPS core heptose(II)‑phosphate phosphatase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,358,641 | 0 | G | T | 97.7% | 667.2 / 4.7 | 212 | I153I (ATC→ATA) | ais | putative LPS core heptose(II)‑phosphate phosphatase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/3); new base T (101/106); total (103/109) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
TTTAGTGGTTAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACGATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCAGGTAGCCGACTGAATGGTCCGGACGGTATTACT > CP009273/2358496‑2358784 | ttAGTGGTTAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACtata < 1:1947882/148‑1 (MQ=255) tAGTGGTTAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTatat < 2:2683027/148‑1 (MQ=255) aGTGGTTAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATAtt > 2:1606814/1‑148 (MQ=255) gTGGTTAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATAttt > 2:2344523/1‑148 (MQ=255) gTGGTTAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATAttt < 1:1747384/148‑1 (MQ=255) gTGGTTAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTGTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATAttt < 2:3477773/148‑1 (MQ=255) tGGTTAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAATTGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATAtttt > 2:1850935/1‑148 (MQ=255) tGGTTAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCTCGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATAtttt > 1:3301176/1‑148 (MQ=255) tGGTTAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATAtttt > 2:1957866/1‑148 (MQ=255) tGGTTAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATAtttt > 2:419444/1‑148 (MQ=255) ggTTAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATAttttt < 2:1537234/148‑1 (MQ=255) tAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATc > 1:9957/1‑148 (MQ=255) tAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATc > 2:3534139/1‑148 (MQ=255) aaCGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCa < 2:2406328/148‑1 (MQ=255) aaCGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCa < 1:1422972/148‑1 (MQ=255) cGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAgg > 1:581136/1‑148 (MQ=255) aaTTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGgcg > 2:1278177/1‑148 (MQ=255) cccATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCgctttg > 2:1433928/1‑148 (MQ=255) ccATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCgctttgc < 1:2494350/148‑1 (MQ=255) ccATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACGATATTTTTATCAGGCgctttgc < 2:3282790/148‑1 (MQ=255) aTCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCgctttgctt < 2:750109/148‑1 (MQ=255) aTCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCgctttgctt < 2:697031/148‑1 (MQ=255) cAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGt < 2:3428340/148‑1 (MQ=255) cAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGt < 1:3467520/148‑1 (MQ=255) aGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTa < 1:2842938/148‑1 (MQ=255) aGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTa > 2:141230/1‑148 (MQ=255) gATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTaa > 1:2133777/1‑148 (MQ=255) gATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTaa < 2:1400838/148‑1 (MQ=255) aaCTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTcc < 2:2601637/148‑1 (MQ=255) aCTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCt < 1:1463452/148‑1 (MQ=255) tttGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTa < 2:254322/148‑1 (MQ=255) ttGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTaa > 1:1576734/1‑148 (MQ=255) gCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAAtt > 2:3449877/1‑148 (MQ=255) ccTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGATTTGTAAGTCCTTAATTg > 1:613037/1‑148 (MQ=255) ttttCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACTCTTATATTTATCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGATTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCAc < 1:2554644/148‑1 (MQ=255) ttttCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGACAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCAc > 2:922016/1‑148 (MQ=255) ttttCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCAc > 1:2363309/1‑148 (MQ=255) ttttCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCAc > 1:850926/1‑148 (MQ=255) ttCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACta < 1:2747622/148‑1 (MQ=255) catgcatgACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAAt < 2:2481498/148‑1 (MQ=255) atgcatgACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAAtc > 2:1946730/1‑148 (MQ=255) atgcatgACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAAtc > 1:2633610/1‑148 (MQ=255) atgcatgACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAAtc > 1:854648/1‑148 (MQ=255) tgACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCAtt < 2:520969/148‑1 (MQ=255) gACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTa > 2:564075/1‑148 (MQ=255) tAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCg < 1:3234701/148‑1 (MQ=255) tAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCg < 1:3235949/148‑1 (MQ=255) aaaCCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGc < 1:180965/148‑1 (MQ=255) aaaCCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGc < 1:167604/148‑1 (MQ=255) aaCCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCa < 2:796601/148‑1 (MQ=255) cATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTg < 1:969715/148‑1 (MQ=255) tCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTgaa > 1:1362840/1‑148 (MQ=255) ccAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTgaag > 1:3383783/1‑148 (MQ=255) aTCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGt < 2:1071310/148‑1 (MQ=255) tCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGTGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGtt > 1:3445728/1‑148 (MQ=255) tCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGtt > 2:411688/1‑148 (MQ=255) aGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTa < 2:1184398/148‑1 (MQ=255) ggTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTAt < 1:836550/148‑1 (MQ=255) ggTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTAt < 2:45143/148‑1 (MQ=255) 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gTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAAtttt < 1:2630448/148‑1 (MQ=255) gCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTAcc > 2:2660413/1‑148 (MQ=255) gCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTAcc > 1:184130/1‑148 (MQ=255) cTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTAccc > 1:1051737/1‑148 (MQ=255) tATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGc > 2:2323482/1‑148 (MQ=255) 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atGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCAGGTAGc < 2:691048/148‑1 (MQ=255) tGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCAGGTAGcc > 2:2808008/1‑148 (MQ=255) gTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCAGGTAGCCg > 2:1471351/1‑148 (MQ=255) gTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCAGAAAACCAGGTAGCCg > 1:111089/1‑148 (MQ=255) tCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCAGGTAGCCGa < 1:3482919/148‑1 (MQ=255) tCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCAGGTAGCCGa < 1:1723398/148‑1 (MQ=255) ggCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCAGGTAGCCGACTg > 1:2886415/1‑148 (MQ=255) gCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCAGGTAGCCGACTGa < 2:2133646/148‑1 (MQ=255) gCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCAGGTAGCCGACTGa < 1:141230/148‑1 (MQ=255) gCAATGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTAAAAACCAGGTAGCCGACTGa < 1:2298889/148‑1 (MQ=255) aTGATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCAGGTAGCCGACTGAATg > 2:1785901/1‑148 (MQ=255) gATTATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAAACAGGTAGCCGACTGAATGGt > 1:2031696/1‑148 (MQ=255) tATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCAGGTAGCCGACTGAATGGTCCg < 2:1756800/148‑1 (MQ=255) tATGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATATACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCAGGTAGCCGACTGAATGGTCCg > 2:1331647/1‑148 (MQ=255) tGGGTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAAACAGGTAGCCGACTGAATGGTCCGGa > 1:3141532/1‑148 (MQ=255) gTGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCAGGTAGCCGACTGAATGGTCCGGACgg > 2:1675473/1‑148 (MQ=255) tGAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCAGGTAGCCGACTGAATGGTCCGGACGGt < 1:47549/148‑1 (MQ=255) gAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCAGGTAGCCGACTGAATGGTCCGGACGGTa < 2:2962672/148‑1 (MQ=255) gAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCAGGTAGCCGACTGAATGGTCCGGACGGTa < 1:1364921/148‑1 (MQ=255) gAAAATAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTAACCGCTGAAAACCAGGTAGCCGACTGAATGGTCCGGACGGTa > 1:720445/1‑148 (MQ=255) aaTAACTATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCAGGTAGCCGACTGAATGGTCCGGACGGTATTa > 1:1700061/1‑148 (MQ=255) | TTTAGTGGTTAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACGATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCAGGTAGCCGACTGAATGGTCCGGACGGTATTACT > CP009273/2358496‑2358784 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |