Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 230,579 | C→T | 100% | E231K (GAA→AAA) | gloB ← | hydroxyacylglutathione hydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 230,579 | 0 | C | T | 99.6% | 763.7 / ‑4.5 | 229 | E231K (GAA→AAA) | gloB | hydroxyacylglutathione hydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (133/95); total (133/96) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Polymorphic base substitution creates a homopolymer stretch. |
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
CCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAATTACGGGTAGTGTTATTTGATTTTTTGCCCGTAACTCCTTAACTTTACGATAATAATCATTTATGGACAA > CP009273/230436‑230723 | ccTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTca < 1:398890/148‑1 (MQ=255) ccTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTca > 2:318256/1‑148 (MQ=255) cTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcat > 2:1150480/1‑148 (MQ=255) cTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcat > 2:1150627/1‑148 (MQ=255) cTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTaat > 1:1211102/1‑148 (MQ=255) cATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcattaa < 2:1414219/148‑1 (MQ=255) gtgtgtgtCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcattaatta > 2:140789/1‑148 (MQ=255) tgtCAATAGTTGCTTAATAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTCACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGAAATAATGTTTTTTcattaattacatta < 1:2918147/148‑1 (MQ=255) tCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcattaattacattaat > 1:216508/1‑148 (MQ=255) tCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcattaattacattaat > 1:216444/1‑148 (MQ=255) tCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcattaattacattaat > 1:2309541/1‑148 (MQ=255) aTAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACAttaattaa > 1:1048431/1‑148 (MQ=255) tAGGTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTaaa < 2:1833289/148‑1 (MQ=255) ttGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCa > 2:2900652/1‑148 (MQ=255) gCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAat < 1:2309382/148‑1 (MQ=255) gCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAat < 1:2191237/148‑1 (MQ=255) cTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAata < 1:519887/148‑1 (MQ=255) ttAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAatat > 2:864522/1‑148 (MQ=255) ttAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAatat > 2:2644125/1‑148 (MQ=255) aaaaGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTAAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATAAATATCt > 1:720774/1‑148 (MQ=255) aaGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTc > 2:2832593/1‑148 (MQ=255) aaGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTc > 2:2744657/1‑148 (MQ=255) aGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTcc > 1:1446317/1‑148 (MQ=255) gacgacCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTcag > 2:2394274/1‑146 (MQ=255) cgacCGATCAGAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGGTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTGCAGGTTGTTGCAATCATGTGTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAAGATCTTCCGtt > 1:1113091/1‑148 (MQ=255) cGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTa > 1:1427846/1‑148 (MQ=255) cGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTa < 1:1005918/148‑1 (MQ=255) aTCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTaaa > 1:1369573/1‑148 (MQ=255) tCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTaaaa < 1:2850996/148‑1 (MQ=255) aaCGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAAc < 2:2986628/148‑1 (MQ=255) ggCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACAtt > 1:3483332/1‑148 (MQ=255) ggCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACAtt > 1:3483443/1‑148 (MQ=255) ggCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACAtt > 2:1945004/1‑148 (MQ=255) gCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTa < 1:1738813/148‑1 (MQ=255) cGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTTTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTaa < 2:2156434/148‑1 (MQ=255) cGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTaa < 2:34643/148‑1 (MQ=255) gAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAAt < 2:1130620/148‑1 (MQ=255) cGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTg < 2:2444820/148‑1 (MQ=255) gAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGcc < 1:1799748/148‑1 (MQ=255) gCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGc < 2:3351132/148‑1 (MQ=255) ccGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGCt > 1:168795/1‑148 (MQ=255) ccGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGCt > 1:1964962/1‑148 (MQ=255) cAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCAttttt > 1:817316/1‑148 (MQ=255) cAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCAttttt > 1:2362722/1‑148 (MQ=255) 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aaGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGaa > 2:321047/1‑148 (MQ=255) gTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAAtt < 2:2584000/148‑1 (MQ=255) ttttATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAAt < 1:3315707/146‑1 (MQ=255) ttttATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAAt > 2:3315707/1‑146 (MQ=255) tttATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTTCCGCTCATTTTTCAGAATTAc > 2:3145213/1‑148 (MQ=255) tttATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAATTAc > 2:736384/1‑148 (MQ=255) tATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAATTACgg < 2:3180638/148‑1 (MQ=255) tATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAATTACgg < 2:353620/148‑1 (MQ=255) tCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAATTACGGGt > 1:1818167/1‑148 (MQ=255) cAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAATTACGGGTa > 1:1664726/1‑148 (MQ=255) aaCCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAATTACGGGTAgtg > 2:623172/1‑148 (MQ=255) cTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAATTACGGGTAGTGTTa < 2:2226761/148‑1 (MQ=255) aTCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAATTACGGGTAGTGTTAtt > 1:2940467/1‑148 (MQ=255) tctttGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAATTACGGGTAGTGTTATTTGAtt > 1:291612/1‑148 (MQ=255) gACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAATTACGGGTAGTGTTATTTGATTTTTTg > 1:3521109/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |