| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,476,524 | T→A | 100% | N99Y (AAT→TAT) | emrK ← | EmrKY‑TolC multidrug resistance efflux pump, membrane fusion protein component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,476,524 | 0 | T | A | 98.0% | 777.9 / 2.4 | 245 | N99Y (AAT→TAT) | emrK | EmrKY‑TolC multidrug resistance efflux pump, membrane fusion protein component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/3); new base A (138/101); total (141/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
CCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGATTATTTTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGTTTTATCCAGTGAAACTAAAATGTCACCTTGTCGAACGTAGTTCGTATCTTTATGATTAACGACAGTGACACTACCTGAGACTTGTGCAGAAATTGGATCTGCATTCCCCGT > CP009273/2476380‑2476668 | cTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGATTATATTTAGCt > 1:854817/1‑148 (MQ=255) tGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGATTATATTTAGCtt > 2:1417172/1‑148 (MQ=255) tGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGAGTATATTTAGCtt > 2:2451554/1‑148 (MQ=255) cTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGATTATTTTTAGCTTTa < 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cGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGATTATATTTAGCTTTATTg < 2:3220489/148‑1 (MQ=255) gCTAACGGCACTCGACGGTTATAATATTCTATAGATTGTTTATACTGCATACGTGCTTAATCTACTTCGGAACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCAGAACAATATTTTCCAGATTATATTTAGCTTTATTGa < 2:3441217/148‑1 (MQ=255) cTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGATTATATTTAGCTTTATTGAg > 2:3357781/1‑148 (MQ=255) tAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGATTATATTTAGCTTTATTGAGt > 2:54686/1‑148 (MQ=255) aaCGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGATTATATTTAGCTTTATTGAGTg > 1:3053214/1‑148 (MQ=255) 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aaTATTTGCCAGATTATATTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGTTTTATCCAGTGAAACTAAAATGTCACCTTGTCGAACGTAGTTCGTATCTTTATGATTAACGACAGTGACACTACCTGAGACTTGTGCAGAAATTGGa > 1:466604/1‑148 (MQ=255) tatTTGCCAGATTATATTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGTTTTATCCAGTGAAACTAAAATGTCACCTTGTCGAACGTAGTTCGTATCTTTATGATTAACGACAGTGACACTACCTGAGACTTGTGCAGAAATTGGATc > 2:236176/1‑148 (MQ=255) atTTGCCAGATTATATTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGTTTTATCCAGTGAAACTAAAATGTCACCTTGTCGAACGTAGTTCGTATCTTTATGATTAACGACAGTGACACTACCTGAGACTTGTGCAGAAATTGGATCt > 2:2549899/1‑148 (MQ=255) tttGCCAGATTATATTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGTTTTATCCAGTGAAACTAAAATGTCACCTTGTCGAACGTAGTTCGTATCTTTATGATTAACGACAGTGACACTACCTGAGACTTGTGCAGAAATTGGATCTg < 1:1566066/148‑1 (MQ=255) ttGCCATATTATATTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGTTTTATCCAGTGAAACTAAAATGTCACCTTGTCGAACGTAGTTCGTATCTTTATGATTAACGACAGTGACACTACCTGAGACTTGTGCAGAAATTGGATCTGc < 1:1535060/148‑1 (MQ=255) gCCAGATTATATTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGTTTTATCCAGTGAAACTAAAATGTCACCTTGTCGAACGTAGTTCGTATCTTTATGATTAACGACAGTGACACTACCTGAGACTTGTGCAGAAATTGGATCTGCAt > 2:2277328/1‑148 (MQ=255) cAGATTATATTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGTTTTATCCAGTGAAACTAAAATGTCACCTTGTCGAACGTAGTTCGTATCTTTATGATTAACGACAGTGACACTACCTGAGACTTGTGCAGAAATTGGATCTGCATTc > 2:1043273/1‑148 (MQ=255) aGATTATATTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGTTTTATCCAGTGAAACTAAAATGTCACCTTGTCGAACGTAGTTCGTATCTTTATGATTAACGACAGTGACACTACCTGAGACTTGTGCAGAAATTGGATCTGCATTcc < 2:2245313/148‑1 (MQ=255) aGATTATATTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGTTTTATCCAGTGAAACTAAAATGTCACCTTGTCGAACGTAGTTCGTATCTTTATGATTAACGACAGTGACACTACCTGAGACTTGTGCAGAAATTGGATCTGCATTcc > 2:2792132/1‑148 (MQ=255) aGATTATATTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGTTTTATCCAGTGAAACTAAAATGTCACCTTGTCGAACGTAGTTCGTATCTTTATGATTAACGACAGTGACACTACCTGAGACTTGTGCAGAAATTGGATCTGCATTcc > 2:932717/1‑148 (MQ=255) tataTTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGTTTTATCCAGTGAAACTAAAATGTCACCTTGTCGAACGTAGTTCGTATCTTTATGATTAACGACAGTGACACTACCTGAGACTTGTGCAGAAATTGGATCTGCATTCCCCGt > 1:3183317/1‑148 (MQ=255) | CCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGATTATTTTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGTTTTATCCAGTGAAACTAAAATGTCACCTTGTCGAACGTAGTTCGTATCTTTATGATTAACGACAGTGACACTACCTGAGACTTGTGCAGAAATTGGATCTGCATTCCCCGT > CP009273/2476380‑2476668 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |