Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,643,336 | C→A | 100% | D771Y (GAC→TAC) | yfhM ← | bacterial alpha2‑macroglobulin colonization factor ECAM; anti‑host protease defense factor; periplasmic inner membrane‑anchored lipoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,643,336 | 0 | C | A | 99.4% | 579.4 / ‑4.0 | 179 | D771Y (GAC→TAC) | yfhM | bacterial alpha2‑macroglobulin colonization factor ECAM; anti‑host protease defense factor; periplasmic inner membrane‑anchored lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base A (91/86); total (93/86) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
CCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATTCGGCGCTTTGACTTCCAG > CP009273/2643193‑2643480 | ccAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCa < 1:728154/148‑1 (MQ=255) cAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTAACCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATTGTGTAGCCAg > 1:413832/1‑148 (MQ=255) ggTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAggg > 2:3537349/1‑148 (MQ=255) ggTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGAGATGCAACTTAATGGTGTAGCCAggg > 1:2663844/1‑148 (MQ=255) gTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGc > 1:3091130/1‑148 (MQ=255) ttttATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCg > 1:2833184/1‑148 (MQ=255) ttttATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCg > 1:3482241/1‑148 (MQ=255) tttATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGa < 1:951030/148‑1 (MQ=255) tttATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGa < 1:2153213/148‑1 (MQ=255) tttATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGa > 2:1016384/1‑148 (MQ=255) tttATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGACCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGACGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGa < 1:1865110/148‑1 (MQ=255) ttATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGAt > 1:3133195/1‑148 (MQ=255) ttATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGAt > 1:3133198/1‑148 (MQ=255) tATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATa < 1:982662/148‑1 (MQ=255) aTCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATaa < 1:1413055/148‑1 (MQ=255) aCCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTgg > 1:2779846/1‑148 (MQ=255) aCCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTgg < 2:1544200/148‑1 (MQ=255) cGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCt < 1:2674274/148‑1 (MQ=255) gAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCTAGGGCGATAACTGGCttt < 2:3481721/148‑1 (MQ=255) gAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCttt < 2:3438680/148‑1 (MQ=255) aaTCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTa < 1:2416078/148‑1 (MQ=255) aaTCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTa < 1:2416276/148‑1 (MQ=255) aTCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTAt < 1:1653129/148‑1 (MQ=255) aTCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTAt < 1:2752358/148‑1 (MQ=255) cAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGt < 1:1307429/148‑1 (MQ=255) aTCCAGCCCTTGAGCCCGCACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCTCTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTc < 2:250160/148‑1 (MQ=255) aTCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTc < 2:1768042/148‑1 (MQ=255) ccAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAg > 2:856980/1‑148 (MQ=255) cccTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTg > 2:1006061/1‑148 (MQ=255) cccTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTg > 2:3320501/1‑148 (MQ=255) ccTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGa > 2:133474/1‑148 (MQ=255) ttGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGtca > 1:3084118/1‑148 (MQ=255) ttGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGaca > 1:3022797/1‑148 (MQ=255) ttGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGaca > 2:1966870/1‑148 (MQ=255) ttGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGaca > 2:1967053/1‑148 (MQ=255) ttGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTGACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAAGTTCATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGaca < 2:1290705/148‑1 (MQ=255) tggAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGaca < 2:1855784/146‑1 (MQ=255) gAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACg < 2:2445586/148‑1 (MQ=255) gAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACggtcggg < 2:1498193/148‑1 (MQ=255) gAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACggtcggg < 2:1499889/148‑1 (MQ=255) gAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACggtcggg > 1:202129/1‑148 (MQ=255) gAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACggtcggg > 2:3247401/1‑148 (MQ=255) gAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACggtcggg > 2:79557/1‑148 (MQ=255) cATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACggtcgggtcg > 2:1858628/1‑148 (MQ=255) cATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACggtcgggtcg > 2:823613/1‑148 (MQ=255) tCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCa < 2:2039290/148‑1 (MQ=255) tCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCa < 1:693300/148‑1 (MQ=255) aaTCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACt > 2:1414693/1‑148 (MQ=255) tctTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTgcgc < 1:1466213/148‑1 (MQ=255) tGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGcgccgc > 2:2814980/1‑148 (MQ=255) tGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGcgccgc > 1:3192116/1‑148 (MQ=255) ccaccaCAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTa > 2:3449408/1‑148 (MQ=255) ccaccaCAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTa < 2:293733/148‑1 (MQ=255) accacAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTAcc > 2:2224145/1‑148 (MQ=255) 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aaCCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGaa > 2:1149690/1‑148 (MQ=255) aaCCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGaa > 2:1858868/1‑148 (MQ=255) aCCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGaaa < 1:3202884/148‑1 (MQ=255) ttACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGaa > 2:2714972/1‑148 (MQ=255) tACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAac < 2:1705437/148‑1 (MQ=255) cccGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAacac > 2:4616/1‑148 (MQ=255) cgccgTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACacta < 2:214269/148‑1 (MQ=255) gcgcGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGc < 2:3203216/148‑1 (MQ=255) gcggcgATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCtt < 1:3421023/148‑1 (MQ=255) cggcgATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTc < 1:1065460/148‑1 (MQ=255) cggcgATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTc < 1:1065440/148‑1 (MQ=255) gcgATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCAt < 2:321338/148‑1 (MQ=255) gcgATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCAt < 1:641006/148‑1 (MQ=255) cgATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCAtt < 1:1414693/148‑1 (MQ=255) atGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACCAACACAACTTACCGCTTCATTAGgc > 1:813322/1‑148 (MQ=255) tGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATTCGgcg < 1:133474/148‑1 (MQ=255) cAACTTACGGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATTCGGCGCt < 1:2406974/148‑1 (MQ=255) cAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCGATAGCCAGCCCAGAAACGAACACAACAGACCGCGTCATTCGgcgcg > 1:2224478/1‑147 (MQ=255) aaCTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATTCGGCGCtt < 2:2387541/148‑1 (MQ=255) aTGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCGGTTGTCCTTCCCGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACAACTGACCGCTTCATTAGGCGCGTTGACtt > 1:1775992/1‑148 (MQ=255) tgtAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCAATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATTCGGCGCTTTGACTTCCAg > 1:2294694/1‑148 (MQ=255) | CCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATTCGGCGCTTTGACTTCCAG > CP009273/2643193‑2643480 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |