Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,665,772 | G→T | 100% | E123* (GAA→TAA) | hcaD → | phenylpropionate dioxygenase, ferredoxin reductase subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,665,772 | 0 | G | T | 95.5% | 430.5 / 12.8 | 155 | E123* (GAA→TAA) | hcaD | phenylpropionate dioxygenase, ferredoxin reductase subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/5); new base T (70/78); total (72/83) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.20e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
TCTGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGA > CP009273/2665627‑2665916 | tCTGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATaa < 2:2709580/148‑1 (MQ=255) tCTGCAGTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATaa < 2:2709577/148‑1 (MQ=255) tCTGCAGTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATaa < 2:2611380/148‑1 (MQ=255) cTGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCCGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAAc > 2:2606518/1‑148 (MQ=255) cATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCGCGACCGCGGCCGGTGGGTGATGGACTGGGATAACgcg > 1:2180037/1‑147 (MQ=255) aTTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACgctg < 2:2858377/148‑1 (MQ=255) ttCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCGCGACCGCTGCCGTTGGTTGTTTCACGGGGATAAAgctgc > 1:3190912/1‑148 (MQ=255) tCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCCTTGCTTGTTTCACAGGGATAAAgctgct > 1:2037148/1‑148 (MQ=255) ccGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCtt < 1:3306322/148‑1 (MQ=255) cGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCGGCCGTTGCGTGATGCACAGGGATAACGCGGCgtt > 1:2882798/1‑148 (MQ=255) gtgtAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCCGCGCGACCGCAGCCGGTGCGTGTTGGACGGGGGTAACGCGGCGTTaa > 1:1015945/1‑147 (MQ=255) tgtAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTAcc < 2:689278/148‑1 (MQ=255) gtAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGGAGCTCGACCGCTGCCGTTGGGTGATGGCCTGGGGTAACGCTGCGTTAccc > 1:2748811/1‑148 (MQ=255) aCCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTAACCTAc > 2:2645837/1‑148 (MQ=255) tCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCa < 2:1009730/148‑1 (MQ=255) tCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCa < 1:3142499/148‑1 (MQ=255) tCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGCTTTACCCTACGCCa < 2:909528/148‑1 (MQ=255) cAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCCGCGCGACCGCTGCCGTTTCTTGATTGACAGGGTTAACGCTTCTTTAACCAACGCCaa > 2:903922/1‑147 (MQ=255) aCGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCg > 2:2031840/1‑148 (MQ=255) cGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCgg > 2:1705182/1‑148 (MQ=255) cGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCGTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTAACCTACGCCATGCCgg > 2:793250/1‑148 (MQ=255) cGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCGCGACCGCGGCCGGTGCTTGATGCCCTGGGCTAACGCTGCGTTACCCTACGCCCTGCCgg > 2:3110485/1‑148 (MQ=255) tGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGa > 2:2539586/1‑148 (MQ=255) gTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATgc < 1:1966320/148‑1 (MQ=255) cgcgACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATgccg < 1:427400/148‑1 (MQ=255) cgACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATTCCGGTGATgccgcc > 2:3239638/1‑148 (MQ=255) cacacGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGGTGGTTGATGGACTGGGGTAAAGCGGCTTTAACCAACCCCAAGCCGGTGATGCCGCCaca > 1:1735560/1‑146 (MQ=255) acacGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGAc < 1:2335977/148‑1 (MQ=255) cacGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCAACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACt > 2:182713/1‑148 (MQ=255) acGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTTCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTAACCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGAcag > 2:2214817/1‑146 (MQ=255) acGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTg > 2:3019240/1‑148 (MQ=255) gagaGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCg > 2:2365347/1‑148 (MQ=255) gagaGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCg < 1:927054/148‑1 (MQ=255) gTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGaa < 1:212341/148‑1 (MQ=255) gTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGaa < 2:1419247/148‑1 (MQ=255) tgtTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCGCGACCCCGGCCGGTTGTTGTTGCCCAGGGGTAACCCTGCTTTAACCAACGCCAAGCCCGGGATGGCGCCCGACAGCGCGAAGTTCt > 1:2190449/1‑148 (MQ=255) gtTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTg > 2:1450165/1‑148 (MQ=255) gtTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTg > 2:3218905/1‑148 (MQ=255) gtTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTg < 2:830892/148‑1 (MQ=255) gtTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTg > 2:3218178/1‑148 (MQ=255) aaCCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAg < 1:710147/148‑1 (MQ=255) cGGCGACAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGaa < 1:1209462/148‑1 (MQ=255) cGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGaa < 1:2564844/148‑1 (MQ=255) cGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGaa < 2:3259859/148‑1 (MQ=255) cGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACgg < 1:1532398/148‑1 (MQ=255) aaGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGGAGCGCGACCGCTGCCGTTTGGTGATGCACAGGGATAACGCGGCTTTAAACTACGCCAAGCCCGTGATGCCGCCAGACAGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGCACGGtga > 2:639321/1‑146 (MQ=255) aaGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCa < 1:2642762/148‑1 (MQ=255) aaGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCa < 2:3036243/148‑1 (MQ=255) aGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCGCGACCGCGGCCGGTGCTTGGTTCCCGGGGATAAAGCAGCTTTACCCTACCCCCAGCCCGGGATGCCGCCCGACGGCGAGAAGGTCTGCACCCCCAACCGTccg > 2:968026/1‑146 (MQ=255) cTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCCGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCGACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTATGCAGCCCCAACGGTCAGTc > 2:1884678/1‑148 (MQ=255) tGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCg < 1:40667/148‑1 (MQ=255) tGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCg < 2:2405848/148‑1 (MQ=255) tGGCACGGGGATCAGCTTTTGAGAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACGGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCg < 2:2406559/148‑1 (MQ=255) cTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCAAGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGAtt > 2:2043224/1‑148 (MQ=255) 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cAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTg < 2:1805096/148‑1 (MQ=255) cAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTg < 1:1390704/148‑1 (MQ=255) gCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGGAGCGCCACCGCGGCCGTTGCGTGATTGAAGGGGATAAAGCTGCGTTAACCTAAGCCAAGGCCGTGTTTCCGCCCCACAGCGAGAAGTTCTTCACCCCGAACGGTCACTCGGGCTTTTAGGTggc > 2:1270687/1‑146 (MQ=255) ttttATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGa < 1:1457834/148‑1 (MQ=255) ttttATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGa < 1:3303401/148‑1 (MQ=255) ttttATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGa < 1:3171698/148‑1 (MQ=255) ttttATAGCAACCGGCGCGGCAGCGCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACAGGGCTAACGCTGCGTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGGGATTATCGGTGCCGGa > 2:497478/1‑148 (MQ=255) tttATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGaa < 1:1842140/148‑1 (MQ=255) ggCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTgg > 2:2667979/1‑148 (MQ=255) cgcgGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGaa < 2:68508/148‑1 (MQ=255) 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tCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGcc > 2:2415005/1‑148 (MQ=255) cGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCa > 1:1364820/1‑148 (MQ=255) cGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCa > 2:2284296/1‑148 (MQ=255) aCCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAgc > 2:296845/1‑148 (MQ=255) tGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAc > 2:2414932/1‑148 (MQ=255) ccGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgc > 2:151282/1‑148 (MQ=255) gTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcag < 2:2357956/148‑1 (MQ=255) gTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCGACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcag < 2:37413/148‑1 (MQ=255) ttGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcagc > 2:1675084/1‑148 (MQ=255) ttGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcagc > 2:3082854/1‑148 (MQ=255) tGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcagcg < 1:2942142/148‑1 (MQ=255) tGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcagcg < 1:1375485/148‑1 (MQ=255) gCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCGTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcagcgc < 1:2812018/148‑1 (MQ=255) gCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcagcgc < 1:2811653/148‑1 (MQ=255) tGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGa < 2:3298113/148‑1 (MQ=255) tGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGa < 2:1159805/148‑1 (MQ=255) tGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGa < 1:1140489/148‑1 (MQ=255) aTGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATg > 2:180688/1‑148 (MQ=255) aTGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATg > 2:3225391/1‑148 (MQ=255) gCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTa < 1:430455/148‑1 (MQ=255) gggATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTg < 2:2896581/148‑1 (MQ=255) | TCTGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGA > CP009273/2665627‑2665916 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |