Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,679,371 | G→T | 8.3% | A60S (GCT→TCT) | hmp → | fused nitric oxide dioxygenase/dihydropteridine reductase 2 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,679,371 | 0 | G | T | 8.3% | 634.3 / 23.0 | 180 | A60S (GCT→TCT) | hmp | fused nitric oxide dioxygenase/dihydropteridine reductase 2 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (77/88); new base T (12/3); total (89/91) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.55e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 |
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
AAAGCCACCATCCCTTTACTGGTGGAAACGGGGCCAAAGTTAACCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTACGCCAGTAATATTGAAAACCTGCCTGCGCTGCTGCCAGCGGTAGAAAAAATCGCGCAGAAGCACACCAGCTTCCAGATCAAACCGGAACAGTACAACATCGTCGGTGAACACCTGTTGGCAACGCTGGACGAA > CP009273/2679224‑2679517 | aaaGCCACCATCCCTTTACTGGTGGAAACGGGGCCAAAGTTAACCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACg < 2:2113791/148‑1 (MQ=255) aaaGCCACCATCCCTTTACTGGTGGAAACGGGGCCAAAGTTAACCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACg < 2:517610/148‑1 (MQ=255) aaaGCCACCATCCCTTTACTGGTGGAAACGGGGCCAAAGTTAACCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACg < 2:518217/148‑1 (MQ=255) aaGCCACCATCCCTTTACTGGTGGAAACGGGGCCAAAGTTAACCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGc < 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cGCTATTGCCGCCTACGCCAGTAATATTGAAAACCTGCCTGCGCTGCTGCCAGCGGTAGAAAAAATCGCGCAGAAGCACACCAGCTTCCAGATCAAACCGGAACAGTACAACATCGTCGGTGAACACCTGTTGGCAACGCTGGACGaa < 1:1699157/148‑1 (MQ=255) | AAAGCCACCATCCCTTTACTGGTGGAAACGGGGCCAAAGTTAACCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTACGCCAGTAATATTGAAAACCTGCCTGCGCTGCTGCCAGCGGTAGAAAAAATCGCGCAGAAGCACACCAGCTTCCAGATCAAACCGGAACAGTACAACATCGTCGGTGAACACCTGTTGGCAACGCTGGACGAA > CP009273/2679224‑2679517 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |