Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,801,706 | C→A | 100% | pseudogene (32/1178 nt) | ygaY → | pseudogene, major facilitator transporter superfamily;putative transport; Not classified; putative transport protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,801,706 | 0 | C | A | 96.1% | 620.5 / 13.5 | 202 | pseudogene (32/1178 nt) | ygaY | pseudogene, major facilitator transporter superfamily;putative transport; Not classified; putative transport protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/2); new base A (120/74); total (126/76) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.13e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
TCATGCCTACAAACCACATCGCACATTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGCGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTAACTATTACGCCCAGCCATTGCTCGACACCATCGCGCGTAACTTTTCCCTTTCCGCCAGTTCGGCAGGCTTTATTGTTACCGCCGCGCAGTTGGGCTA > CP009273/2801564‑2801850 | tCATGCCTACACACCACATCGCACATTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGa < 2:1033789/148‑1 (MQ=255) gCCTACAAACCACATCGCACATTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGt > 1:965745/1‑148 (MQ=255) ccTACAAACCACATCGCACATTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTg < 1:1418185/148‑1 (MQ=255) cTACAAACCACATCGCACATTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGc < 2:3192465/148‑1 (MQ=255) cAAACCACATCGCACATTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCGTCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGa > 2:928137/1‑148 (MQ=255) aaaCCACATCGCACATTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGAt > 2:3492401/1‑148 (MQ=255) aaCCACATCGCACATTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATg < 1:1329594/148‑1 (MQ=255) aaCCACATCGCACATTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATg < 1:3340890/148‑1 (MQ=255) ccACATCGCACATTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTc > 2:509184/1‑148 (MQ=255) ccaTCGCACATTTCAACACTCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTa < 2:2022390/147‑1 (MQ=255) caTCGCACATTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTAt > 1:627698/1‑148 (MQ=255) caTCGCACATTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTAt < 2:1579153/148‑1 (MQ=255) caTCGCACATTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTAt < 2:1579573/148‑1 (MQ=255) caTCGCACATTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTAt > 2:1990096/1‑148 (MQ=255) cGCACATTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGc > 1:10016/1‑148 (MQ=255) aTTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCg > 1:512656/1‑148 (MQ=255) aTTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCg > 1:2299852/1‑148 (MQ=255) aTTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCg < 2:2182000/148‑1 (MQ=255) aTTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCg > 1:2957562/1‑148 (MQ=255) 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tCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTa > 1:3495465/1‑148 (MQ=255) cccATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTAACTa > 2:1720728/1‑148 (MQ=255) tatTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTAACTATTAc > 1:2392028/1‑148 (MQ=255) atTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTAACTATTACg < 2:3523307/148‑1 (MQ=255) ttCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCACGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTAACTATTACGc > 1:2024799/1‑148 (MQ=255) tcatcaACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTACTCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTAACTATTACGcc < 2:3394992/148‑1 (MQ=255) tcatcaACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCCGTAACTATTACGcc > 2:3066691/1‑148 (MQ=255) tcatcaACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTAACTATTACGcc > 2:2647214/1‑148 (MQ=255) tcatcaACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTAACTATTACGcc < 1:1077993/148‑1 (MQ=255) tcaacaACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGCGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTAACTATTACGcc < 2:2406607/148‑1 (MQ=255) catcaACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTAACTATTACGccc < 1:1501421/148‑1 (MQ=255) tcaACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGAAGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTAACTATTACGCCCAg > 2:1894411/1‑148 (MQ=255) tCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTAACTATTACGCCCAGCCATTg < 2:58161/148‑1 (MQ=255) tCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTAACTATTACGCCCAGCCATTg < 2:3457595/148‑1 (MQ=255) cGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTAACTATTACGCCCAGCCATTGCt < 2:2971895/148‑1 (MQ=255) 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tAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTAACTATTACGCCCAGCCATTGCTCGACACCATCGCGCGTAACTTTTCCCTTTCCGCCAGTTCGGCAGGCTTTATTGTTAcc > 1:1109519/1‑148 (MQ=255) aaTCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTAACTATTACGCCCAGCCATTGCTCGACACCATCGCGCGTAACTTTTCCCTTTCCGCCAGTTCGGCAGGCTTTATTGTTAccg > 1:2085369/1‑148 (MQ=255) aTGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTAACTATTACGCCCAGCCATTGCTCGACACCATCGCGCGTAACTTTTCCCTTTCCGCCAGTTCGGCAGGCTTTATTGTTACcgccgc > 1:240849/1‑148 (MQ=255) gAGCTTAGCCCGGAGATGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTAACTATTACGCCCAGCCATTGCTCGACACCATCGCGCGTAACTTTTCCCTTTCCGCCAGTTCGGCAGGCTTTATTGTTACCGCCgcgc > 2:3344538/1‑148 (MQ=255) aGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTAACTATTACGCCCAGCCATTGCTCGACACCATCGCGCGTAACTTTTCCCTTTCCGCCAGTTCGGCAGGCTTTATTGTTACCGCCGCGCa > 2:1232216/1‑148 (MQ=255) 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cccGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTAACTATTACGCCCAGCCATTGCTCGACACCATCGCGCGTAACTTTTCCCTTTCCGCCAGTTCGGCAGGCTTTATTGTTACCGCCGCGCAGTTGGGc < 1:3433641/148‑1 (MQ=255) | TCATGCCTACAAACCACATCGCACATTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGCGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTAACTATTACGCCCAGCCATTGCTCGACACCATCGCGCGTAACTTTTCCCTTTCCGCCAGTTCGGCAGGCTTTATTGTTACCGCCGCGCAGTTGGGCTA > CP009273/2801564‑2801850 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |