| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 238,195 | G→T | 100% | V532V (GTC→GTA) | fadE ← | acyl coenzyme A dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 238,195 | 0 | G | T | 100.0% | 647.5 / NA | 193 | V532V (GTC→GTA) | fadE | acyl coenzyme A dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (103/90); total (103/90) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
GTTCAGGTGCTGATAGTAGCGTTTAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCA > CP009273/238051‑238336 | gTTCAGGTGCTGATAGTAGCGTTTAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACg < 1:1054421/148‑1 (MQ=255) tCAGGTGCTGATAGTAGCGTTTAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTc > 1:2772129/1‑148 (MQ=255) cAGGTGCTGATAGTAGCGTTTAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCa < 1:1517946/148‑1 (MQ=255) aGGTGCTGATAGTAGCGTTTAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCAt < 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tGCTGATAGTAGCGTTTAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGt < 1:3427075/148‑1 (MQ=255) tGCTGATAGTAGCGTTTAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGt > 1:1378090/1‑148 (MQ=255) gCTGATAGTAGCGTTTAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGtt < 1:251379/148‑1 (MQ=255) gCTGATAGTAGCGTTTAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCGGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGtt < 2:2210753/148‑1 (MQ=255) cTGATAGTAGCGTTTAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGttc < 1:2755539/148‑1 (MQ=255) 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ttAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCa > 2:157638/1‑148 (MQ=255) aGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCAtc < 1:155228/148‑1 (MQ=255) tGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCAtctc > 2:26268/1‑148 (MQ=255) tGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCAtctc < 1:1756562/148‑1 (MQ=255) gCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCtt > 2:1305022/1‑148 (MQ=255) gCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCtt > 2:2732668/1‑148 (MQ=255) gCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCtt > 2:1304991/1‑148 (MQ=255) cGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAg > 2:2384376/1‑148 (MQ=255) cGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAg > 1:2314804/1‑148 (MQ=255) cGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAg > 2:598973/1‑148 (MQ=255) ccGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCa < 1:2380964/148‑1 (MQ=255) gTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGt < 2:2805326/148‑1 (MQ=255) gTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGt < 1:1816089/148‑1 (MQ=255) ggCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACg > 2:2292940/1‑148 (MQ=255) gCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACgg > 1:985558/1‑148 (MQ=255) 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tgctgGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCa < 1:55937/148‑1 (MQ=255) aaCCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGc > 2:1185295/1‑148 (MQ=255) cAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCg > 1:2229150/1‑148 (MQ=255) aGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGa > 1:2542842/1‑148 (MQ=255) aGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGa < 2:1172957/148‑1 (MQ=255) 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aCGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCtt > 1:2663102/1‑148 (MQ=255) gACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAAc > 2:3292488/1‑148 (MQ=255) tatGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGAt < 1:2916773/148‑1 (MQ=255) tatGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGAt > 1:2293807/1‑148 (MQ=255) tatGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGAt > 2:1488446/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |