| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,876,760 | C→T | 100% | G246G (GGG→GGA) | casA ← | CRISP RNA (crRNA) containing Cascade antiviral complex protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,876,760 | 0 | C | T | 100.0% | 794.8 / NA | 239 | G246G (GGG→GGA) | casA | CRISP RNA (crRNA) containing Cascade antiviral complex protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (113/126); total (113/126) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
CTCAACCTCCCCTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATCCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCATTAGGAAA > CP009273/2876616‑2876903 | cTCAACCTCCCCTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATACGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCa < 2:721965/148‑1 (MQ=255) tCAACCTCCCCTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCaa < 1:3242250/148‑1 (MQ=255) tCAACCTCCCCTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCaa > 1:3054344/1‑148 (MQ=255) aaCCTCCCCTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATg < 1:299164/148‑1 (MQ=255) aaCCTCCCCTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATg < 2:3196914/148‑1 (MQ=255) ccTCCCCTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATggg > 2:3032883/1‑148 (MQ=255) cTCCCCTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGa < 1:2406807/148‑1 (MQ=255) cTCCCCTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGa < 2:2351402/148‑1 (MQ=255) tCCCCTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGAt > 1:1445719/1‑148 (MQ=255) ccccTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATc > 1:1183890/1‑148 (MQ=255) ccTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGc < 2:2809233/148‑1 (MQ=255) ccTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGc < 2:914148/148‑1 (MQ=255) ccTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGc < 1:252601/148‑1 (MQ=255) ttCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATa < 2:294233/148‑1 (MQ=255) ttCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATa > 2:2228539/1‑148 (MQ=255) cTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAAt < 2:2129329/148‑1 (MQ=255) cTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCGATGGGATCGCATAATTCAat < 2:2314412/148‑1 (MQ=255) ttACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATg > 1:3358169/1‑148 (MQ=255) ttACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATg > 1:3359400/1‑148 (MQ=255) tACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATgc > 1:406992/1‑148 (MQ=255) aCCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATgcg < 1:1947966/148‑1 (MQ=255) ccAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATgcgc < 2:17597/148‑1 (MQ=255) aGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGc < 1:1585470/148‑1 (MQ=255) aGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGc > 2:532378/1‑148 (MQ=255) ggggAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGcc > 1:2743192/1‑148 (MQ=255) gAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGa > 2:3284564/1‑148 (MQ=255) gAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGa < 1:2163858/148‑1 (MQ=255) aaTGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGaa < 2:2384826/148‑1 (MQ=255) cGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGa < 2:1176755/148‑1 (MQ=255) tgATGGTGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGAc < 2:1830157/147‑1 (MQ=255) ggATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGAc < 2:1223999/148‑1 (MQ=255) aTGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCa > 2:939941/1‑148 (MQ=255) ttgggCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTACAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCAc < 1:3253737/146‑1 (MQ=255) ggggCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACg < 1:1237150/148‑1 (MQ=255) cATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACaa < 1:2945780/148‑1 (MQ=255) aTAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACaaa > 2:2014309/1‑148 (MQ=255) aGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAAcc < 1:3159307/148‑1 (MQ=255) cATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAAt < 2:1495085/148‑1 (MQ=255) cATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAAt < 1:484947/148‑1 (MQ=255) tAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGa > 2:858571/1‑148 (MQ=255) tAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGa > 1:3266227/1‑148 (MQ=255) aaaCTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCTGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCAACAGCAAGAAAATTTACAAATTCCAAAGGGATCGCATAATTAAATATTCCCTGGTTGCCAGAATATACCACGGACAAACCCAATTGa > 1:2369105/2‑148 (MQ=255) cTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGa > 1:546136/1‑148 (MQ=255) cTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGa > 1:1881380/1‑148 (MQ=255) gTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGACAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGacg > 2:2444651/1‑146 (MQ=255) gTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAg > 2:1509871/1‑148 (MQ=255) ggTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGTCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGt > 1:167689/1‑148 (MQ=255) gTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGta < 2:340552/148‑1 (MQ=255) gTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGta > 1:1817872/1‑148 (MQ=255) gTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGta < 1:232080/148‑1 (MQ=255) tAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCTCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGtat > 1:2604241/1‑148 (MQ=255) tAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGtat > 1:2213433/1‑148 (MQ=255) tAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGtat > 1:821161/1‑148 (MQ=255) aaaTTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGtata > 1:3172148/1‑148 (MQ=255) aaaTTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGtata > 1:1403675/1‑148 (MQ=255) aaaTTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGtata > 2:583783/1‑148 (MQ=255) aaaTTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGtata > 1:2910834/1‑148 (MQ=255) aaTTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAg > 2:2858636/1‑148 (MQ=255) ttttCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACt < 2:206468/148‑1 (MQ=255) tttCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTc < 2:382190/148‑1 (MQ=255) ccTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCAtt < 1:1502621/148‑1 (MQ=255) cTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTg < 1:392001/148‑1 (MQ=255) cTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTg > 2:530927/1‑148 (MQ=255) ttAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTgg < 2:813414/148‑1 (MQ=255) tAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGa > 1:960168/1‑148 (MQ=255) tAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGa < 1:1997496/148‑1 (MQ=255) tAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGa < 2:2743192/148‑1 (MQ=255) aGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACt < 2:2283238/148‑1 (MQ=255) gAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACtt > 2:789970/1‑148 (MQ=255) aCCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAATCCCAATTGACGACGCAGGTATCGACTCATTGGACTTGATa > 2:2471231/1‑148 (MQ=255) aCCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATa > 1:815831/1‑148 (MQ=255) aaCGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCACTATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAAt < 2:3121491/148‑1 (MQ=255) aaaTTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCagg < 2:2608784/148‑1 (MQ=255) cTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAggtt > 2:1285711/1‑148 (MQ=255) tttCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAggttg < 1:677476/148‑1 (MQ=255) tGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGtttt > 2:3557240/1‑148 (MQ=255) gTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTc > 1:900611/1‑148 (MQ=255) ccACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCg < 2:699313/148‑1 (MQ=255) ccACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCg < 2:1600756/148‑1 (MQ=255) ccACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCg < 2:3363196/148‑1 (MQ=255) cacaGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGt > 1:2822758/1‑148 (MQ=255) cacaGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGt < 1:1762289/148‑1 (MQ=255) caGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTAt < 1:3032883/148‑1 (MQ=255) caGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTAt > 2:10190/1‑148 (MQ=255) caGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTAt > 2:1810597/1‑148 (MQ=255) aGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTAtg < 2:324862/148‑1 (MQ=255) gCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTAtgt < 1:1182999/148‑1 (MQ=255) cAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTAtgtg < 1:1891974/148‑1 (MQ=255) cAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTAtgtg > 2:181643/1‑148 (MQ=255) gAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGAtt > 1:971496/1‑148 (MQ=255) gAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGAtt > 2:3381101/1‑148 (MQ=255) gAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGAtt < 2:221815/148‑1 (MQ=255) gAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGAtt > 2:2495738/1‑148 (MQ=255) aCATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCa < 2:1026434/148‑1 (MQ=255) cATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCAt > 1:285145/1‑148 (MQ=255) aTTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCAtt < 2:1514898/148‑1 (MQ=255) tttACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCATTa > 1:772112/1‑148 (MQ=255) ccAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTCGGTTGGTTTTCCGTATGTGAGTCATTAGGaa > 2:3319846/1‑148 (MQ=255) ccAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCATTAGGaa < 1:1687793/148‑1 (MQ=255) cAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCATTAGGaaa > 1:2051867/1‑148 (MQ=255) | CTCAACCTCCCCTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATCCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCATTAGGAAA > CP009273/2876616‑2876903 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |