Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,882,392 | C→A | 41.0% | W356L (TGG→TTG) | cysI ← | sulfite reductase, beta subunit, NAD(P)‑binding, heme‑binding |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,882,392 | 0 | C | A | 41.0% | 222.9 / 212.7 | 200 | W356L (TGG→TTG) | cysI | sulfite reductase, beta subunit, NAD(P)‑binding, heme‑binding |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (46/72); new base A (32/50); total (78/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
TCCGGTACACCGGCGATGATCAGATTCTGGTTCGCCGTAATGCGGAAATCGCCTTTGTGGATCTTCGCGATCTCCAGCAGGCCGGTTTTCAGCGGACGCGCCGGATAATCAAGGATGCGACCATTTTCGATAAACAGCGTCAGGTGCCAGTTATCATCAATGCCCTTAACCCAGCCAATACGATCGCCTCGTCCGGTGAACTCATATGGACGGATCGGTTCAAATTTGATCCCCGCGCGACGCTCCACTTCCGCTTTAAACGTCTCAACCCCCACGCGCTCCAGCGTGTATT > CP009273/2882245‑2882536 | tcCGGTACACCGGCGATGATCAGATTCTGGTTCGCCGTAATGCGGAAATCGCCTTTGTGGATCTTCGCGATCTCCAGCAGGCCGGTTTTCAGCGGACGCGCCGGATAATCAAGGATGCGACCATTTTCGATAAACAGCGTCAGGTGcc < 1:52083/148‑1 (MQ=255) ggTACACCGGCGATGATCAGATTCTGGTTCGCCGTAATGCGGAAATCGCCTTTGTGGATCTTCGCGATCTCCAGCAGGCCGGTTTTCAGCGGACGCGCCGGATAATCAAGGATGCGACCATTTTCGATAAACAGCGTCAGGTGCAAGt < 2:1187903/148‑1 (MQ=255) gTACACCGGCGATGATCAGATTCTGGTTCGCCGTAATGCGGAAATCGCCTTTGTGGATCTTCGCGATCTCCAGCAGGCCGGTTTTCAGCGGACGCGCCGGATAATCAAGGATGCGACCATTTTCGATAAACAGCGTCAGGTGCCAGtt > 2:3272019/1‑148 (MQ=255) tACACCGGCGATGATCAGATTCTGGTTCGCCGTAATGCGGAAATCGCCTTTGTGGATCTTCGCGATCTCCAGCAGGCCGGTTTTCAGCGGACGCGCCGGATAATCAAGGATGCGACCATTTTCGATAAACAGCGTCAGGTGCCAGTTa > 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tGCCAGTTATCATCAATGCCCTTAACCCAGCCAATACGATCGCCTCGTCCGGTGAACTCATATGGACGGATCGGTTCAAATTTGATCCCCGCGCGACGCTCCACTTCCGCTTTAAACGTCTCAACCCCCACGCGCTCCAGCGTGTAtt < 2:1324934/148‑1 (MQ=255) | TCCGGTACACCGGCGATGATCAGATTCTGGTTCGCCGTAATGCGGAAATCGCCTTTGTGGATCTTCGCGATCTCCAGCAGGCCGGTTTTCAGCGGACGCGCCGGATAATCAAGGATGCGACCATTTTCGATAAACAGCGTCAGGTGCCAGTTATCATCAATGCCCTTAACCCAGCCAATACGATCGCCTCGTCCGGTGAACTCATATGGACGGATCGGTTCAAATTTGATCCCCGCGCGACGCTCCACTTCCGCTTTAAACGTCTCAACCCCCACGCGCTCCAGCGTGTATT > CP009273/2882245‑2882536 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |