Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,884,385 | G→T | 100% | V291V (GTC→GTA) | cysJ ← | sulfite reductase, alpha subunit, flavoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,884,385 | 0 | G | T | 97.7% | 556.8 / 3.8 | 175 | V291V (GTC→GTA) | cysJ | sulfite reductase, alpha subunit, flavoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/4); new base T (81/90); total (81/94) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
TGTTTCACTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCGACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCCGAGTCACCTAAGTCAATTTCGATATGGCGAACGTCTTTTTCAGAGTTACGCCCGGTAATTTTCTGGTTA > CP009273/2884238‑2884529 | tgtTTCACTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCg > 1:907058/1‑148 (MQ=255) ttCACTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACa > 1:1269018/1‑148 (MQ=255) cACTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACACTGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAg < 1:3400953/148‑1 (MQ=255) aCTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGt < 2:1405078/148‑1 (MQ=255) cTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGtt > 2:967431/1‑148 (MQ=255) cTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGtt > 2:438985/1‑148 (MQ=255) tGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCAAAGCAGTTCTACAAGTTc > 2:3512795/1‑148 (MQ=255) gCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCt < 2:2758018/148‑1 (MQ=255) cGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCtt > 2:969416/1‑148 (MQ=255) cGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCtt < 1:2096765/148‑1 (MQ=255) cGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCtt < 1:299733/148‑1 (MQ=255) ggTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTc > 2:1930617/1‑148 (MQ=255) tAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCAc > 2:2065955/1‑148 (MQ=255) aaGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCAcc > 2:2162701/1‑148 (MQ=255) 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aTTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCg < 1:374345/148‑1 (MQ=255) aTTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCg > 1:2778710/1‑148 (MQ=255) ttCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGt > 2:916229/1‑148 (MQ=255) caacaaTGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTg < 1:2593807/148‑1 (MQ=255) aacaaTGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGa < 1:2886286/148‑1 (MQ=255) acaaTGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGAt > 1:3410124/1‑148 (MQ=255) acaaTGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGAt > 2:2730857/1‑148 (MQ=255) acaaTGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGAt > 1:176330/1‑148 (MQ=255) caaTGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATa > 1:2672550/1‑148 (MQ=255) aaTGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATAc > 1:141313/1‑148 (MQ=255) 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cACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCa > 1:427131/1‑148 (MQ=255) tAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGccc > 2:381279/1‑148 (MQ=255) aGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCCg > 2:2470319/1‑148 (MQ=255) gcgcTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCCGa < 2:3311083/148‑1 (MQ=255) cTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCCGAGTc > 2:814282/1‑148 (MQ=255) ttCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCCGAGTCa > 1:1465330/1‑148 (MQ=255) ttCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCCGAGTCACCTa < 2:3487253/148‑1 (MQ=255) ttCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCGACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCCGAGTCACCTa < 1:3214083/148‑1 (MQ=255) tCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCCGAGTCACCTaa < 1:3124967/148‑1 (MQ=255) cAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCCGAGTCACCTAAg < 1:607749/148‑1 (MQ=255) 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ttGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCCGAGTCACCTAAGTCAATTTCGatat > 1:1814896/1‑148 (MQ=255) ccTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCCGAGTCACCTAAGTCAATTTCGATATGGCg > 2:1875576/1‑148 (MQ=255) aCGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCCGAGTCACCTAAGTCAATTTCGATATGGCGAACGt < 1:140442/148‑1 (MQ=255) aCGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCCGAGTCACCTAAGTCAATTTCGATATGGCGAACGt < 1:1018396/148‑1 (MQ=255) cGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCCGAGTCACCTAAGTCAATTTCGATATGGCGAACGTc < 2:1675625/148‑1 (MQ=255) 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ccACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCCGAGTCACCTAAGTCAATTTCGATATGGCGAACGTCTTTTTCAGAGTTACGCCCGGTAAtt > 1:999266/1‑148 (MQ=255) ccACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCCGAGTCACCTAAGTCAATTTCGATATGGCGAACGTCTTTTTCAGAGTTACGCCCGGTAAtt > 2:1180146/1‑148 (MQ=255) acaGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCCGAGTCACCTAAGTCAATTTCGATATGGCGAACGTCTTTTTCAGAGTTACGCCCGGTAAtttt < 1:734405/148‑1 (MQ=255) acaGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCCGAGTCACCTAAGTCAATTTCGATATGGCGAACGTCTTTTTCAGAGTTACGCCCGGTAAtttt < 1:2518778/148‑1 (MQ=255) acaGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCCGAGTCACCTAAGTCAATTTCGATATGGCGAACGTCTTTTTCAGAGTTACGCCCGGTAAtttt < 2:1017450/148‑1 (MQ=255) 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ttCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCCGAGTCACCTAAGTCAATTTCGATATGGCGAACGTCTTTTTCAGAGTTACGCCCGGTAATTTTCTGGTTa < 2:2933446/148‑1 (MQ=255) | TGTTTCACTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCGACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCCGAGTCACCTAAGTCAATTTCGATATGGCGAACGTCTTTTTCAGAGTTACGCCCGGTAATTTTCTGGTTA > CP009273/2884238‑2884529 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |