Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,921,101 | C→A | 94.6% | intergenic (+70/‑487) | ygdH → / → sdaC | UPF0717 family protein/putative serine transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,921,101 | 0 | C | A | 94.6% | 581.8 / 22.5 | 203 | intergenic (+70/‑487) | ygdH/sdaC | UPF0717 family protein/putative serine transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/7); new base A (87/105); total (91/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.57e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 |
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
ACAGGGTTTTGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTCATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATG > CP009273/2920956‑2921245 | aCAGGGTTTTGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACtcatttaat < 2:1284689/148‑1 (MQ=255) aCAGGGTTTTGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACtcatttaat > 1:3087459/1‑148 (MQ=255) cAGGGTTTTGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACtcatttcatt > 1:79530/1‑148 (MQ=255) gTTTTGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGtt < 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ttgCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGa > 2:156795/1‑148 (MQ=255) cccAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATg < 2:140450/148‑1 (MQ=255) ccAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGt > 1:2725353/1‑148 (MQ=255) cAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGtt > 2:3308869/1‑148 (MQ=255) cAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGtt > 2:1952704/1‑148 (MQ=255) 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tttaatttGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCAtt < 2:2725353/148‑2 (MQ=255) | ACAGGGTTTTGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTCATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATG > CP009273/2920956‑2921245 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |