| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 29,139 | G→T | 100% | G256C (GGT→TGT) | dapB → | dihydrodipicolinate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 29,139 | 0 | G | T | 100.0% | 777.2 / NA | 233 | G256C (GGT→TGT) | dapB | dihydrodipicolinate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (103/130); total (103/130) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
TTTTGCCACCGTGCGTGCAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAACCACAAAATATTTGTTATGGTGCAAAAATAACACATTTAATTTATTGATTATAAAGGGCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTG > CP009273/28994‑29283 | ttttGCCACCGTGCGTGCAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGt < 2:497816/148‑1 (MQ=255) gCCACCGTGCGTGCAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGTCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAgg < 1:1447791/148‑1 (MQ=255) ccACCGTGCGTGCAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCTTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGa < 1:975481/148‑1 (MQ=255) ccGTGCGTGCAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAg > 2:1282947/1‑148 (MQ=255) ccGTGCGTGCAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAg > 1:1142974/1‑148 (MQ=255) cgtgcgtgCAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGc < 1:2899220/148‑1 (MQ=255) tgcgtgcAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCgg > 2:3322818/1‑148 (MQ=255) gcgtgcAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGt > 1:1072556/1‑148 (MQ=255) gcgtgcAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGt < 2:1138633/148‑1 (MQ=255) cgtgcAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTc < 1:3287605/148‑1 (MQ=255) gcAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCttt < 2:755593/148‑1 (MQ=255) cAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCtttt < 2:2223958/148‑1 (MQ=255) ggTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTg < 2:2816312/148‑1 (MQ=255) gTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGa < 1:2556011/148‑1 (MQ=255) 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aCATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACtt > 1:2947941/1‑148 (MQ=255) aCATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTGGATATGCGAGATGTACtt > 1:1518394/1‑148 (MQ=255) aCCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGAtc < 2:2969607/148‑1 (MQ=255) cgcgATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGAtctc > 2:2026969/1‑148 (MQ=255) cgcgATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGAtctc > 1:3106697/1‑148 (MQ=255) cgcgATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGAtctc > 1:787724/1‑148 (MQ=255) tGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCaataa > 1:177608/1‑148 (MQ=255) gTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCaataat < 1:689277/148‑1 (MQ=255) ttGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAAttt < 2:1770844/148‑1 (MQ=255) gATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAAc < 1:3240754/148‑1 (MQ=255) atatTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAAcc > 1:2642924/1‑148 (MQ=255) atatTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAAcc > 1:1815140/1‑148 (MQ=255) tatTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAACca < 2:3223621/148‑1 (MQ=255) tatTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAACca > 1:909497/1‑148 (MQ=255) tatTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAACca < 2:432905/148‑1 (MQ=255) atTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAACcac > 2:1763999/1‑148 (MQ=255) ttGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAACcaca > 2:872471/1‑148 (MQ=255) ttGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAACcaca > 2:2712408/1‑148 (MQ=255) tGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAACCACaa > 2:16500/1‑148 (MQ=255) ggCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAACCACaaa < 1:2722346/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |