| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 252,850 | C→T | 6.2% | I129I (ATC→ATT) | gpt → | xanthine phosphoribosyltransferase; xanthine‑guanine phosphoribosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 252,850 | 0 | C | T | 6.2% | 690.0 / 21.7 | 193 | I129I (ATC→ATT) | gpt | xanthine phosphoribosyltransferase; xanthine‑guanine phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (77/104); new base T (3/9); total (80/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.20e-01 | |||||||||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
GGCGAAGGCTTCATCGTTATTGATGACCTGGTGGATACCGGTGGTACTGCGGTTGCGATTCGTGAAATGTATCCAAAAGCGCACTTTGTCACCATCTTCGCAAAACCGGCTGGTCGTCCGCTGGTTGATGACTATGTTGTTGATATCCCGCAAGATACCTGGATTGAACAGCCGTGGGATATGGGCGTCGTATTCGTCCCGCCAATCTCCGGTCGCTAATCTTTTCAACGCCTGGCACTGCCGGGCGTTGTTCTTTTTAACTTCAGGCGGGTTACAATAGTTTCCAGTAAGTAT > CP009273/252704‑252997 | ggCGAAGGCTTCATCGTTATTGATGACCTGGTGGATACCGGTGGTACTGCGGTTGCGATTCGTGAAATGTATCCAAAAGCGCACTTTGTCACCATCTTCGCAAAACCGGCTGGTCGTCCGCTGGTTGATGACTATGTTGTTGATATcc > 1:829508/1‑148 (MQ=255) gCGAAGGCTTCATCGTTATTGATGACCTGGTGGATACCGGTGGTACTGCGGTTGCGATTCGTGAAATGTATCCAAAAGCGCACTTTGTCACCATCTTCGCAAAACCGGCTGGTCGTCCGCTGGTTGATGACTATGTTGTTGATATccc > 1:208034/1‑148 (MQ=255) aaGGCTTCATCGTTATTGATGACCTGGTGGATACCGGTGGTACTGCGGTTGCGATTCGTGAAATGTATCCAAAAGCGCACTTTGTCACCATCTTCGCAAAACCGGCTGGTCGTCCGCTGGTTGATGACTATGTTGTTGATATCCCGCa < 1:112394/148‑1 (MQ=255) aGGCTTCATCGTTATTGATGACCTGGTGGATACCGGTGGTACTGCGGTTGCGATTCGTGAAATGTATCCAAAAGCGCACTTTGTCACCATCTTCGCAAAACCGGCTGGTCGTCCGCTGGTTGATGACTATGTTGTTGATATCCCGCaa > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |