Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP009273 | 3,009,187 | G→T | 100% | intergenic (+90/‑232) | mocA → / → ygfK | CTP:molybdopterin cytidylyltransferase/putative Fe‑S subunit oxidoreductase subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,009,187 | 0 | G | T | 96.9% | 705.1 / 11.3 | 226 | intergenic (+90/‑232) | mocA/ygfK | CTP:molybdopterin cytidylyltransferase/putative Fe‑S subunit oxidoreductase subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/0); new base T (115/104); total (122/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.62e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
ATATTGATACTCCGGACGACTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGAGAAAAATTGATAAATGGGCTGGCAATAATAATTTTCAGGAGTGATTTTAATTCTCATTTAGCACCTGTGAGTTCATTCACAAAAAGCCCTTAAGTTTCGAGCCGCCTCACATTTTTTTATATTTCCCGCCAAACCTGGCAAGAG > CP009273/3009042‑3009330 | atTGATACTCCGGACGACTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTgagaaaagataaaa > 2:1266103/1‑148 (MQ=255) atTGATACTCCGGACGACTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTgagaaaagataaaa < 1:943444/148‑1 (MQ=255) atTGATACTCCGGACGACTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTgagaaaagataaaa > 2:165413/1‑148 (MQ=255) atTGATACTCCGGACGACTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTgagaaaagataaaa < 1:3511485/148‑1 (MQ=255) atTGATACTCCGGACGACTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTgagaaaagataaaa > 1:2718947/1‑148 (MQ=255) atTGATACTCCGGACGACTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTgagaaaagataaaa < 2:699859/148‑1 (MQ=255) atTGATACTCCGGACGACTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTgagaaaagataaaa < 2:366608/148‑1 (MQ=255) ttGATACTCCGGACGACTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATaaaaa > 2:802047/1‑148 (MQ=255) tGATACTCCGGACGACTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAAt > 1:1481721/1‑148 (MQ=255) aTACTCCGGACGACTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTg < 2:664452/148‑1 (MQ=255) tACTCCGGACGACTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGa > 1:552762/1‑148 (MQ=255) tACTCCGGACGACTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGa < 1:1279737/148‑1 (MQ=255) aCTCCGGACGACTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGAt > 1:3465895/1‑148 (MQ=255) aCTCCGGACGACTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTAGGGCACTCATTTTGATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGAt < 1:3490218/148‑1 (MQ=255) tCCGGACGACTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATaa < 1:1928091/148‑1 (MQ=255) ggACGACTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATg < 1:3150240/148‑1 (MQ=255) acgacTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATggg < 2:3193819/148‑1 (MQ=255) acgacTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATggg > 2:707617/1‑148 (MQ=255) acTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTg > 1:1196028/1‑148 (MQ=255) aGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTGGCaataataa > 2:2629542/1‑148 (MQ=255) gCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTGGCaataataat > 1:2355086/1‑148 (MQ=255) gCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTGGCaataataat < 2:2908827/148‑1 (MQ=255) cGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTGGCAATAATAAtt < 2:3552647/148‑1 (MQ=255) aaGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGAGAAAAATTGATAAATGGGCTGGCAATAATAAtttt > 2:1797934/1‑148 (MQ=255) 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tGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTGGCAATAATAATTTTCAGGAGTGATTTTa > 1:1285667/1‑148 (MQ=255) tGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCGTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTGGCAATAATAATTTTCAGGAGTGATTTTa < 2:1756681/148‑1 (MQ=255) tAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTGGCAATAATAATTTTCAGGAGTGATTTTAATTCTCa < 1:3276711/148‑1 (MQ=255) aGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTGGCAATAATAATTTTCAGGAGTGATTTTAATTCTCAt > 2:1446139/1‑148 (MQ=255) aCGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTGGCAATAATAATTTTCAGGAGTGATTTTAATTCTCATTTAGc > 2:1390807/1‑148 (MQ=255) aCGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTGGCAATAATAATTTTCAGGAGTGATTTTAATTCTCATTTAGc > 2:2151801/1‑148 (MQ=255) cGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTGGCAATAATAATTTTCAGGAGTGATTTTAATTCTCATTTAGCa < 2:3092912/148‑1 (MQ=255) cGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTGGCAATAATAATTTTCAGGAGTGATTTTAATTCTCATTTAGCa < 2:1322095/148‑1 (MQ=255) cGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTGGCAATAATAATTTTCAGGAGTGATTTTAATTCTCATTTAGCa < 1:1586667/148‑1 (MQ=255) tAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTGGCAATAATAATTTTCAGGAGTGATTTTAATTCTCATTTAGCAcc < 2:3477728/148‑1 (MQ=255) 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atatTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGAGAAAAATTGATAAATGGGCTGGCAATAATAATTTTCAGGAGTGATTTTAATTCTCATTTAGCACCTGTGAGTTCATTCACAAAAAg > 2:3193221/1‑148 (MQ=255) tatTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTGGCAATAATAATTTTCAGGAGTGATTTTAATTCTCATTTAGCACCTGTGAGTTCATTCACAAAAAGc > 1:2286816/1‑148 (MQ=255) tatTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTGGCAATAATAATTTTCAGGAGTGATTTTAATTCTCATTTAGCACCTGTGAGTTCATTCACAAAAAGc > 1:833293/1‑148 (MQ=255) tttAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTGGCAATAATAATTTTCAGGAGTGATTTTAATTCTCATTTAGCGCCTGTGAGTTCATTCACAAAAAGccc > 2:2290364/1‑148 (MQ=255) ttAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTGGCAATAATAATTTTCAGGAGTGATTTTAATTCTCATTTAGCACCTGTGAGTTCATTCACAAAAAGCCCt > 2:404921/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |