Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,049,740 | C→A | 100% | L47L (CTC→CTA) | fau → | 5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,049,740 | 0 | C | A | 96.5% | 476.6 / 6.9 | 170 | L47L (CTC→CTA) | fau | 5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/3); new base A (77/86); total (81/89) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.10e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
CAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTG‑ATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAACAGGTTGAAGATCCA > CP009273/3049596‑3049883 | cAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTG‑ATGGCGAACTAGac < 1:558951/148‑1 (MQ=255) aaaaTGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTG‑ATGGCGAACTAGaca < 1:687394/148‑1 (MQ=255) aaaTGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTGCGCTCTTTTG‑ATGGCGAACGAGacac > 1:2453881/1‑148 (MQ=255) aaaTGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTG‑ATGGCGAACTAGacac < 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cAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCGGGATTGCGCTCTTTTG‑TTGGCGACCTAGACAACCACCcacaca > 1:2395873/1‑148 (MQ=255) aaCGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTG‑ATGGCGAACTAGACACCCAGCCACTCAt < 2:218765/148‑1 (MQ=255) aaCGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTG‑ATGGCGAACTAGACACCCAGCCACTCAt < 2:1277587/148‑1 (MQ=255) aCGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTGTTCCGCTCTTTTG‑TTGGCGACCTAGACACCCAGCCCCACATa > 1:399737/1‑148 (MQ=255) aCGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTAGTCCTCTCTTTTG‑ATGGCGAACTAGACACCCAGCCACTCATa > 2:2768226/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |