| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,068,690 | C→A | 9.3% | V284V (GTG→GTT) | yggF ← | fructose 1,6 bisphosphatase isozyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,068,690 | 0 | C | A | 9.3% | 685.7 / 30.1 | 192 | V284V (GTG→GTT) | yggF | fructose 1,6 bisphosphatase isozyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (88/86); new base A (10/8); total (98/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
GCGTCGCCATTGGTCTTCCGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGG > CP009273/3068545‑3068837 | gCGTCGCCATTGGTCTTCCGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTAAc > 1:389586/1‑148 (MQ=255) cGTCGCCATTGGTCTTCCGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACg > 1:393783/1‑148 (MQ=255) tCGCCATTGGTCTTCCGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGcc < 2:1125358/148‑1 (MQ=255) tCGCCATTGGTCTTCCGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGcc > 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ccAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTa < 2:2278796/148‑1 (MQ=255) cAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTaa > 2:1942111/1‑148 (MQ=255) cTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATcc > 2:1166452/1‑148 (MQ=255) tCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATccc > 2:3350076/1‑148 (MQ=255) aCCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCt > 1:1118937/1‑148 (MQ=255) aCCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCt > 2:443005/1‑148 (MQ=255) gCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTa > 2:2464266/1‑148 (MQ=255) cGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGcc > 1:3243490/1‑148 (MQ=255) gTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCt < 2:2778046/148‑1 (MQ=255) tCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTg < 2:3005603/148‑1 (MQ=255) cACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTgg > 1:1466468/1‑148 (MQ=255) | GCGTCGCCATTGGTCTTCCGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGG > CP009273/3068545‑3068837 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |