| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 257,564 | G→T | 35.5% | V117V (GTG→GTT) | proA → | gamma‑glutamylphosphate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 257,564 | 0 | G | T | 35.5% | 287.0 / 166.0 | 186 | V117V (GTG→GTT) | proA | gamma‑glutamylphosphate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (54/66); new base T (33/33); total (87/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
ACGCCCGCACGGCTGAAAGGCATTGCCGACGATGTACGTCAGGTGTGCAACCTCGCCGATCCGGTGGGGCAGGTAATCGATGGCGGCGTACTGGACAGCGGCCTGCGTCTTGAGCGTCGTCGCGTACCGCTGGGGGTTATTGGCGTGATTTATGAAGCGCGCCCGAACGTGACGGTTGATGTCGCTTCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGTGATTCAGGACGCCCTGAAA > CP009273/257418‑257705 | gCTGAAAGGCATTGCCGACGATGTACGTCAGGTGTGCAACCTCGCCGATCCGGTGGGGCAGGTAATCGATGGCGGCGTACTGGACAGCGGCCTGCGTCTTGAGCGTCGTCGCGTACCGCTGGGGGTTATTGGCGTGATTTATGAAgcg > 1:2766312/1‑148 (MQ=255) gCTGAAAGGCATTGCCGACGATGTACGTCAGGTGTGCAACCTCGCCGATCCGGTGGGGCAGGTAATCGATGGCGGCGTACTGGACAGCGGCCTGCGTCTTGAGCGTCGTCGCGTACCGCTGGGGGTTATTGGCGTGATTTATGAAgcg < 2:2217544/148‑1 (MQ=255) cTGAAAGGCATTGCCGACGATGTACGTCAGGTGTGCAACCTCGCCGATCCGGTGGGGCAGGTAATCGATGGCGGCGTACTGGACAGCGGCCTGCGTCTTGAGCGTCGTCGCGTACCGCTGGGGGTTATTGGCGTTATTTATGAAgcgc > 1:894280/1‑148 (MQ=255) aGGCAATGCCGACGATGTACGTCAGGTGAGCAACCTCGCCGATCCGGTGGGGAAGGTAATCGATGGCGGCGTACTGGACATCGGCCTGCGTCTTGAGCGTCGTCGCTTACCGCTGGGGGTTATTGGCGTGATTTATGAAGCGCGCCCg > 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ttGGCGTTATTTATGAAGCGCGCCCGAACGTGACGGTTGATGTCGCTTCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGTGATTCAGGACGCCCTGaa > 2:3554832/1‑148 (MQ=255) ttGGCGTTATTTATGAAGCGCGCCCGAACGTGACGGTTGATGTCGCTTCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGTGATTCAGGACGCCCTGaa < 1:1662756/148‑1 (MQ=255) ttGGCGTGATTTATGAAGCGCGCCCGAACGTGACGGTTGATGTCGCTTCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGTGATTCAGGACGCCCTGaa > 1:2399184/1‑148 (MQ=255) ttGGCGTGATTTATGAAGCGCGCCCGAACGTGACGGTTGATGTCGCTTCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGTGATTCAGGACGCCCTGaa > 1:2399677/1‑148 (MQ=255) ttGGCGTGATTTATGAAGCGCGCCCGAACGTGACGGTTGATGTCGCTTCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGTGATTCAGGACGCCCTGaa > 1:2043474/1‑148 (MQ=255) tGGCGTTATTTATGAAGCGCGCCCGAACGTGACGGTTGATGTCGCTTCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGTGATTCAGGACGCCCTGaaa < 2:2903691/148‑1 (MQ=255) | ACGCCCGCACGGCTGAAAGGCATTGCCGACGATGTACGTCAGGTGTGCAACCTCGCCGATCCGGTGGGGCAGGTAATCGATGGCGGCGTACTGGACAGCGGCCTGCGTCTTGAGCGTCGTCGCGTACCGCTGGGGGTTATTGGCGTGATTTATGAAGCGCGCCCGAACGTGACGGTTGATGTCGCTTCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGTGATTCAGGACGCCCTGAAA > CP009273/257418‑257705 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |